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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00116



RNA: SPR_00116
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))....(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))....(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((....[[[)))).(((((((...))))))).]]](((((........)))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....((((.......)))).)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((...))))))((((((((...)))))))))))((((((...)..))))).))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....((((.......)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))))....
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......)))).((((((.....)))))).)))(((((.......))))).))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
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RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....((((.......)))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......)))).((((((.....)))))).)))(((((........)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....(((..(((((..)).))))))...))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))....(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....))))))....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....((((.......)))).)))))))....