CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00138



RNA: SPR_00138
Rfam family: tRNA

GGCGUAGGUGGUGAAGUGGUUAACACAUCAGGUUGUGGCUCUGACAUACGCGGGUUCGAUCCCCGUUCUACGCCCCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] .(((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((..(((.....))).(((((.......)))))..)))(((((.......)))))))))))))...
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((....(((...((((......)))))))....)))..(((((.......)))))))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......(((.....))).......................(((((.......)))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......(((.....))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.(((.....))).)((((.......)))).))...(((((.......)))))))))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...............(((([[[[[.))))..]]]]].....(((((.......)))))))))))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......(((.....))).((((...[[[...))))..]]](((((.......)))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((.....))).((((((....)).))))...(((.(((......)))))).)))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((..(((.....))).((((((....)).)))))))..(((((.......)))))))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........................................(((((.......)))))))))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........(((.....))).(((((......).))))...(((.(((......)))))).)))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......(((.....))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))....).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))....).
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((..(((.....))).(((((.......))))))))))(((((.......))))).)))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((..(((.....))).((((((....)).)))))))..(((((.......)))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......(((.....))).((((((.[[[)).))))]]](((.(((......))))))))))))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..........))).((((.........))))......((((.......))))..)))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........((((.((((......))))....))))....(((((.......)))))))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((..(((.....))).((((((....)).)))))))..(((((.......)))))))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((..(((.....))).((((((....)).)))))))..(((((.......)))))))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((..(((.....))).((((((....)).)))))))))(((((.......))))).)))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.((((......))))))(((((((..))).))))...(.(.((((...).)))))..)))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.......(((.....))).(((((......).))))......................))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((..(((.....))).((((((....)).)))))))..(((((.......)))))))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((............)))))...((((.......)))).(((((.......))))).)))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((....[[[.....))))....((((]]]....)))).(((((.......))))).)))))))...