CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00141



RNA: SPR_00141
Rfam family: tRNA

GGUGAAUAUAUUUCAAUGGUAGAAAAUACGCUUGUGGUGCGUUAAAUCUGAGUUCGAUUCUCAGUAUUCACCCCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] .(((((((..((((.......))))..((((.......)))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.......))))..((((.......))))......((((.......)))))))))))))...
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.......(((((((....((((.......))))....))))...))).......)))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.......)))...((((.......)))).....(((((.......)))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...................((((.......)))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.......))))..((((.......)))).....(((((.......)))))))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.......))))..((((.......)))).....(((((.......)))))))))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.......))))..((((.......)))).....(((((.......)))))))))))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((...[[[[....[[[[)))....]]]]....]]]].............)))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..((((....((((.......))))....)))).))).))......)))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..((((....((((.......))))....)))).))).))......)))))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...................((((.......)))).....(((((.......)))))))))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....))))))))))))))(((((((....((((((((((...)..))))))))))))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.......))))..((((.......)))).....(((((.......)))))))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...................((((.......)))).....(((((.......)))))))))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))....).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))....).
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.......))))((((((.......))))...))(((((.......)))))))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..((((....((((.......))))....)))).))).))......)))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.......)))).(((((.......)))).)...(((((.......)))))))))))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((..............((((.......)))).))))(((((.......)))))))))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...................((((.......)))).....(((((.......)))))))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..((((....((((.......))))....)))).))).))......)))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..((((....((((.......))))....)))).))).))......)))))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...........(((....((((.......))))....)))(((.......))).)))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.......))))).((((..))))..........((((((...)..)))))))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..................((((.......)))).......(((.......))).)))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...(((((..((((....((((.......))))....)))).))).))......)))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.......))))..((((.......))))......((((.......)))).))))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.......))))..((((.......))))......((((.......)))).))))))))...