CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00155



RNA: SPR_00155
Rfam family: tRNA

GGACCUUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCAGACGGCUCAUAACCGUCCGGUCGUAGGUUCGAGUCCUACAAGGUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..(.((((((((((.....)))).)))))).).))).(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..)).).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...(.((((((((((.....)))).)))))).)..)..(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((((((((((.....)))).)))))).......(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..(.((((((((((.....)))).)))))).).))).(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]]
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.....)))))(((..[[[[[)))....]]]]].....(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((((((.[[[.)))).)))))]]].....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((((((((((((...))))).)))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((.....((((((((((.....)))).))))))....)).(((((.......))))).))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))...))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.....)))))((((.....))))...(((....))).(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((((((((((.....)))).)))))).......((((((....).))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........))))..(((((.............)))))))))))....................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((((((((((.....)))).)))))).......(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.......)))))..(.(((((.(((((...........))))))))))))).)))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..........((((((((((.....)))).)))))).......(((((.......))))).))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....