CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00164



RNA: SPR_00164
Rfam family: tRNA

GGGCUUAUAGUUUAAUUGGUUGAAACGUACCGCUCAUAACGGUGAUAUUGUAGGUUCGAGCCCUACUAAGCCUACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((......(((((((((((((((.......)))))....)))...)))).)))..)))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......(((((((...(((...((((....))))....)))..))).))))))).)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((.............)).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....................((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....................(((((.......))))).....[[[[[[[.)))))).....]]]]]]]..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....................((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((((((((((((...)))))))))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))...).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))...).
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....................(((((.......))))).....[[[[[[[.)))))).....]]]]]]]..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......(((((.(((.(((...((((....))))....))).)))).))))))).)))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................((((.......))))......(((((((............)))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).)))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...)))))(((......)))..((.(((((...).)))).)).(((((((.(.(........))))))).))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((..(((.(((...(((......)))....))).)))..))))....)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....