CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00223



RNA: SPR_00223
Rfam family: tRNA

GCCUUUGUAGCGGAAUGGUAACGCGGCAGACUCAAAAUCUGCUUUGGUAACCCAGGUGGUAGUUCGACUCUCCCCAAAGGCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..(((.........)))((((((.......))))))..............((.((.......)).)))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((....((.(((.....................).)).)))).((.(((......)))..)).)))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((..((..((((((.......))))))...))...)))...(((......))).))).)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))((((((.......)))))).(((....)))....................)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((...........))((((((.......))))))((((....))))..((.((.......)).)))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........))).(((((.......)))))................................)))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))((((((.......))))))((((....))))......(.......)....)))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.................((((((.......))))))((((....)))).[[[[..............)))))))]]]]
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))((((((.......))))))(((...[[[)))..]]]..............)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........))).(((((.......))))).((((....))))..((.((.......)).)))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).)))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))((((((.......)))))).(((....)))....................)))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((...))))))(((((((((((((((((((((((...))))))))).)))))))))))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........))).(((((.......)))))..(((....)))...((.((.....))..)).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........))).(((((.......)))))(((((....)))))..................)))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))...............(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))...............(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........))).(((((.......)))))(((((....))))).((.............)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))((.(((.((.....(((((((((....))))..)))))...)).))))).)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))((((((.......))))))((((....)))).....(((...))).....)))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.(((.......(((((.......))))).........)))........))))........)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((..........((((((.......))))))...................))))........)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).)))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))((.(((.((.....(((((((((....))))..)))))...)).))))).)))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))((.(((.((.....(((((((((....))))..)))))...)).))).)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(..).(((((.(((((((((.......))))))))).))..)))((.((.(((...))))))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..................))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))((.(((.((.((..(..(((.((....)))))..)...)).)).))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((......((..((((((.......)))))).(((....))).)).....))))........)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((([[[[[[...........))))).......]]]]]].(((....)))((((......................)))).