 | ||||||||||||||
| ||||||||||||||
 | ||||||||||||||
RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00224
RNA: SPR_00224
Rfam family:
tRNA
| GGGCAAGUGGCGGAAUUGGUAGACGCAGCAGACUCAAAAUCUGCCGCUAGCGAUAGUGUGUGGGUUCGAGUCCCACCUUGCCCACCA | |||
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))...............(((((.......)))))))))))).... | |
| Alterna | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((..((((.(((.....(((((.......)))))..))).))))..)))(((((.......)))))))))))).... |
| CMfinder(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((..(((...........)))...(((.......)))..((((......)))).(((((.......)))))))))))..... |
| CRWrnafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........)))....(((((...(((((((((((....))))).))))))..)))))....))))))).... |
| Carnac(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.................((((((((.......))))))))............(((((.......)))))))))))).... |
| CentroidAlifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))...............(((((.......)))))))))))).... |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((....................(((((..((((((((((((....))))).))))))).)))))))).))))))).... |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))).... |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......))))).((((....))))..(((((.......)))))))))))).... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((...........)).....(((((..((((((((((((....))))).))))))).)))))))).))))))).... |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(((((((((.........[[(....{{{{{....))))))))).)]].......((((((..}}}}}.......)))))).. |
| DAFS(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.....................((((.......))))................(((((.......)))))))))))).... |
| DAFS(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))...............(((((.......)))))))))))).... |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........)))....(((((..((((((((((((....))))).))))))).)))))....))))))).... |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((...........)))....(((((..((((((((((((....))))).))))))).))))).)).))))))).... |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........)))....(((((..((((..((((((....))))).)..)))).)))))....))))))).... |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((....................(((((..((((((((((((....))))).))))))).)))))))).))))))).... |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.(((((((((((.(((((....))))))))))))))))(((((..)))))..((((((...)..)))))))))))).... |
| MXScarna(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........)))..((((.......))))..((........))..(((((.......)))))))))))).... |
| Mastr(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....................(((((.......))))).(..........)..(((((.......)))))))))))).... |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((...........)))....(((((..((((((((((((....))))).))))))).))))).)).))))))).... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((..))).......(((((.......)))))))))))).... |
| Multilign(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))).... |
| Murlet(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))...............(((((.......)))))))))...))). |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((.........)))).(((((.(...).)))))...............(((((.......)))))))))))).... |
| PETfold_2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((......)))).(((((.......)))))))))))).... |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((.........)))).(((((.(...).)))))...............(((((.......)))))))))))).... |
| PETfold_pre2.0(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((......)))).(((((.......)))))))))))).... |
| PPfold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......))))).(((......)))..(((((.......)))))))))))).... |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))).... |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........)))....(((((..((((((((((((....))))).))))))).)))))....))))))).... |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((...........)))....(((((..((((((((((((....))))).))))))).))))).)).))))))).... |
| RDfolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .....(((((((((.(((................)))..))))))))).......(((.(((((.......)))))......))).. |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.......................(((((..((((((((((((....))))).))))))).)))))....))))))).... |
| RNASampler(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((....................(((((.......)))))...............(((((.......)))))))))))).... |
| RNAalifold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))...............(((((.......)))))))))))).... |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........)))....(((((..((((..((((((....))))).)..)))).)))))....))))))).... |
| RNAshapes | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........)))....(((((..((((((((((((....))))).))))))).)))))....))))))).... |
| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((...........)))....(((((..((((..((((((....))))).)..)))).))))).))).)))))).... |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((((.(((..((.(.......))))))..))))))))..(((..)))(.((((((...)..)))))))))))).... |
| RSpredict(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(............).(((((.......))))))))))...)). |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((((...........)))....(((((..((((..((((((....))))).)..)))).))))).)).))))))).... |
| TurboFold(20) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))).... |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...........)))....(((((..((((..((((((....))))).)..)))).)))))....))))))).... |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((..((((((.(((((...........)).)))..)))))).(((....)))...(((((.......))))).)))))).... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((..((((((.(((((...........)).)))..)))))).(((....)))...(((((.......))))).)))))).... |