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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00276



RNA: SPR_00276
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).((((.........)))).....(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...[[[...))))..]]]((((......))))....(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
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