CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00315



RNA: SPR_00315
Rfam family: tRNA

CGGGAAGUAGCUCAGCUUGGUAGAGCACAUGGUUUGGGACCAUGGGGUCGCAGGUUCGAAUCCUGUCUUCCCGACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).(((((((...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).(((((((...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).(((((((...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).(((((((...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((...((...(((((((...)))))))...)).)))))).))...))).)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).(((((((...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((...)))))))(((.(((((((((((.((((..)))))))))))))))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........))))..((((((...))))))......(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).((((((.....)))))))))).(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).(((((((...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........))))..((((....(((((...........))))).....)))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).(((((((...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((...((.(.(((((((...))))))).).)).)))))).))...))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).(((((((...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).(((((((...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.......))))).(((((.(....)))))).....((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((((....)))).(((((((...))))))))))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..((((....)))).((((((.....)))))).))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...(((..((((....)))).((((((.....)))))).))).(((((.......))))).))))))....