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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00369



RNA: SPR_00369
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((.((...)).(((((.......)))))..)))))((((...))))))).)))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......))))(((.(((((.(((((....))))).))))).)))...)).)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......))))(((.(((((.(((((....))))).))))).)))...)).)))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..[[[[...)))))...(((((....)))))...(((((.......))))))))))))]]]]
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))(((.((((..(((((....)))))..)))).)))......)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......))).(((.(((((.(((((....))))).))))).)))..))).)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......(....)..(((.((((..(((((....)))))..)))).)))..))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((.........))...(((([[[....))))]]]...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......)))..(...((((.(...(....)...).))))...)...))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))...).
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((...(....)))))).(((((((....))))).))(((((.......))))))))))))....
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RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......))))(((.((((..(((((....)))))..)))).)))...)).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((((((...))((((((.......))))))))))).((((...))))))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......(....)..(((.((((..(((((....)))))..)))).)))..))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......(....)..(((..(((..(((((....)))))..)))..)))..))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))......((((.......)))).)))))))....
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