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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00386



RNA: SPR_00386
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..(((.............))).(((((.......)))))..................(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((....))).)).((((((.....(((((..(((...((((......)))).)))...))))))))))).)))))))....
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Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((......(((((.[[[[[[))))).............]]]]]]........{{{{{{{.....))))))...}}}}}}}..
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((.[[[[[[))))).......(((...((((......)))).)))........]]]]]].)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((...((.....)).))).(((((.......))))).((((..((..(((((....))))).))..)))).)))))))....
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Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.............))).(((((.......)))))..................(((((.......))))))))))...)).
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UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((....)))....((((((.....(((((..((....((((......))))...))..))))))))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.........(((........))).((((.......))))...((((......))))..(((((.......))))).))))))....
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