CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00389



RNA: SPR_00389
Rfam family: tRNA

GGAGAGAUGCCGGAGCGGCUGAACGGACCGGUCUCGAAAACCGGAGUAGGGGCAACUCUACCGGGGGUUCAAAUCCCCCUCUCUCCGCCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..(((...........))).(((((.......)))))..................(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...)))).....((.(((((.......)))))..(((((....)))))))(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))........(((((.......))))).((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((......))..(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(.......).........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.....)))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((......))..(((((.......))))).((((((....)))))).((((((....).))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....................((((.......))))...................(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))(((.....[[[[[.)))...]]]]].((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..((......))..))))).(((.....))).((((((....)))))).(((((......))))).)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.....)))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..((......))..)))))..((.....))..((((((....)))))).(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).)))))..................(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).)))))..................(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.....)))(.....).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..............))))).............((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((................(((((.......)))))......))))........(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...(((((.......))))).......)))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((..(((((.((..))))))).....).)))))(((((((..))))))).(((((.((..))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.....)))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((...(((((.......))))).......)))).((((((....)))))).(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..((([[[..))).....{{{(((((]]]....))))).((((((....)))))).(((((.......)))))))).}}}....