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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00394
RNA: SPR_00394
Rfam family:
tRNA
| GGAAAAUUAACUAUAGGUAAAGUGGAUUAUUUGCUAAGUAAUUGAAUUGUAAAUUCUUAUGAGUUCGAAUCUCAUAUUUUCCGCCA | |||
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] | (((((((..(((........))).((((((.......))))))...............(((((.......)))))))))))).... | |
| Alterna | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...((((((........)))))).)))....(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... |
| CRWrnafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...((((((........)))))).)))..(((((((((((....)))))).))))).......))))))).... |
| Carnac(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................................................... |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((......................................................................)))))).... |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....................................................((((((.......)))))).))))).... |
| CentroidHomfold‑LAST | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((........((((((........))))))........(((.......)))..(((((.......)))))))))))).... |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.................((((((.......))))))((((.....))))..(((((.......)))))))))))).... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.........((((((........))))))........((((.....)))).((((((.......)))))))))))).... |
| Cylofold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...............(((((([[[[[...))))))........((((.....)))).((((((.......))))))...]]]]].. |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((.[[[[[[))))....]]]]]]......(((((((((((....)))).))))))).......))))))).... |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((...(((...((((((........)))))).)))....(((((...))))).((((((.......)))))))))))).... |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...((((((........)))))).)))..(((((((((((....)))).))))))).......))))))).... |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.........(((((........)))))........................(((((.......)))))))))))).... |
| MCFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((((((((..)))))))))).((((((...))))))(((((...)))))((((((((...)..)))))))))))).... |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((........))).(.((((...............)).))).......(((((.......)))))))))))).... |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................................................... |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((....(((...((((((........)))))).)))....(((((...))))).((((((.......)))))).))))).... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((..................((((((((...))))))))(((((...))))).((((((.......)))))))))))).... |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((......))))..(((((.(...).)))))................(((((.......)))))))))))).... |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((......))))..(((((.(...).)))))................(((((.......)))))))))))).... |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ...................................................................................... |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((((........)))(((((.....)))))((....))((((.....)))).((((((.......)))))))))))).... |
| PknotsRG | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...((((((........)))))).)))..(((((((((((....)))).))))))).......))))))).... |
| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.(.(((.(.((((((........)))))))))))...(((((...))))).((((((.......)))))))))))).... |
| RDfolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .........................................................((((((.......)))))).......... |
| RNASLOpt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.........((((((........))))))......................((((((.......)))))))))))).... |
| RNAfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...((((((........)))))).)))..(((((((((((....)))).))))))).......))))))).... |
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| RNAsubopt | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((((((.(((.((((((........))))))..))).))))............((((((.......)))))))))))).... |
| RNAwolf (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((..((((.(((.((((........)))))))))))...(((.......))).(((((((...)..)))))))))))).... |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((.................................................((((......)).(.)...........))...)). |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((.........((((((........))))))........................((((.......))))..)))))).... |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((...((((((........)))))).)))..(((((((((((....)))).))))))).......))))))).... |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((....((((.......)))).(((((.....)))))..((((.....))))..(((((.......))))).)))))).... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((....((((.[[[[[[))))....]]]]]]........((((.....))))..(((((.......))))).)))))).... |