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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00436



RNA: SPR_00436
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))).......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
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Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....))))).
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
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RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
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TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
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Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).))))))....