CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00461



RNA: SPR_00461
Rfam family: tRNA

ACAGAUUGUAGCUUAAUCACAAAGCAUCUGGCCUACACCCAGAAGAAUUCAUAAAAAUGAACACUUUGACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] .((((.((..((((.......)))).(((((.......)))))....((((......)))))).))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))...)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((.((((.......)))).(((((.......))))).....((((....))))))).))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.......)))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))...........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((..((((.......)))).(((((.......))))).....((((....)))).)).))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((.((((.......)))).(((((.......))))).................))).))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.......)))).(((((.......)))))((..(((((....)))))..)).......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))...........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((.((((.......)))).(((((.......)))))......(((....))).))).))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))...........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((...))))))(((((((((((((((...)))))))))((((((((..))))))))))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))...))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....((((......)))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....((((......)))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.....)).((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))(.....)....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...[[[[))))...]]]].(((((.......)))))....(((((....)))))...........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.......)))).(((((.......))))).............................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.((((......).))))(((((.((((((.......)))))).((((((......)))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................