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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00487



RNA: SPR_00487
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.......)))).(((((.......)))))................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((((((((((.......))).....)))))))).(((((.......))))).))))))....
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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..................((((((.......))))))...(((((.......))))).))))))....
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Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........[[[[.....((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))]]]]
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((.[[[[[[.)))...]]]]]]...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((.......)))).(((((.......))))).((((.(((......))))))).)))))....
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Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................((((.......)))).....(((((.......))))))))...)))).
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))...)).
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Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).))))))....