CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00493



RNA: SPR_00493
Rfam family: tRNA

GAAGCGGUGGCUCAAUGGUAGAGCUUUCGACUCCAAAUCGAAGGGUUGCAGGUUCAAUUCCUGUCCGUUUCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.......)))).(((((.......)))))......((((.......))))............
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))(((((.[[[...)))))]]]..(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((..[[[..))))).......]]]((((....))))(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))..((((.((........))))))((((.......)))).)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))(((([[.......))))..]].(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((....))))..(((((((((((((((((...))))))))((..((((((...)..))))))))))))))))
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))..((((.((........))))))((((.......)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))..((((((.........))))))((((.......)))).)))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))...((((((.........))))))((((.......)))).)))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))..((((.......))))......(((((.......)))))))))...))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))..((((((.........))))))((((.......)))).)))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((..(((.((((((.((((.((........)))))).)))))).)))..)).)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))..((((.((........))))))((((.......)))).)))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((........(((((((.......))))))).)))((((.......)))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))..........((((....))))(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((.........)))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((..(((.((((((.((((.((........)))))).)))))).)))..)).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((..(((.((((((.((((.((........)))))).)))))).)))..)).)))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...(((((..((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......))))))...((.((........)))).((((((.....)))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((.........................................((((.......)))).)))))....).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((.........)))......(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......))))).((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))..........((((....)))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((.......[[[[))).]]]].((((.......)))).)))))))....