CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00502



RNA: SPR_00502
Rfam family: tRNA

AGCGGGGUGGGGUAGUCAGGAAAUCCGAUGGGCUCAUAACCCGUAGAUCGAUGGUUCAAAUCCAUCCCCCGCUACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((....))....))))....)))).......(((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((..(((.((....)).(((((.......))))).))).(((((.......)))))))))))).)).
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................((..(((((.......))))).))..(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..................(.(((((.......))))).)...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............(((..(((((.......))))).))).(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..........[[[..[[[[[)))....]]]]].]]].(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((............))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((....))....))))....)))).......(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......................(((.......))).......(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.((..)))))))(((((((((.(((((.((((..)))))))))))))))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((.........)))...((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((............))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((............))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((a(.{{(.(((..)))<<<<<<..))(()A)).)))>>.(([[[[))...>>>>}})))))))]]]]
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((............))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((....))....))))....)))).......(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(.........)))))(((((.......))))).....((((((....).))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........))))(((((.........((((......)))).......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((....))....))))....)))).......(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((....))....))))....)))).......(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((....))....))))....)))).......(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((((((.((((((........).)))))))))))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))....)..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((....)).......................(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((....))....))))....)))).......(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....