CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00509



RNA: SPR_00509
Rfam family: tRNA

CGCGGGGUGGAGCAGCCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGAUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((...)).))))..((((.......))))......(((((.......)))))))))))....)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((..(((((((.......)))))))...(((((((...)))..))))....))))..)))))).....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..(((((((...))))))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((....(.((((.(.((.(((((.......))))).)).))))))......))))..)))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((...(((.(((.(.((.(((((.......))))).)).))))))).....))))..)))))).....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..(((([[[[[[[..)))).]]]]]]]...............(((((.......))))))))))).....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..(((.(((......)))..[[[[[)))....]]]]].....(((((.......))))))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..(((([[.......)))).(((((]].....))))).....(((((.......))))))))))).....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(((((((((..(((.((((((((((((((((...)))))))))))))))((((..)))))))))))))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((.........)))..(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...).
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((([[((((aaaaaa({{)))).)AAAAAA..}}....((<.((.bbbbb)>)..)BBBBB)))))))...]]
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((((((....).))))))))))).....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........))))(((((.........((((......)))).......))))))))))).....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.......)))))((((((..(...)))))))....(((((.((..))))))))))))).)...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((....................................)).((((.......)))).)))))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....................(((((.......)))))......................)))))).....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....