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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00519



RNA: SPR_00519
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.....))))(.((((.......)))).)...(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....)))).......(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...(((((..((((...........))))..)))))...)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.....))))..(((((....).)))).....(((((.......))))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))..((((.......)))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))..((((.......))))......((((.......)))).)))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))..(((((....).)))).....(((((.......))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....)))).......(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))..(((.....[[[[)))........]]]]..........)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....))))........((((.......)))).)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...(((((..((((...........))))..)))))...)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))..((((.......)))).....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(((((....))))(((((..))))).))))).((((((...)..))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....))))........((((.......)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))..((((.......)))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))))....
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Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))((((((.......))))...))(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....)))).......(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.....))))).(((((....)))).).....(((((.......))))))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))..((((.......)))).....(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....)))).......(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....)))).......(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....)))).......(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....)))).......(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((..............((((.(........))))).))))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...(((......))).......(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....)))).......(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....))))........((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.....))))...((((....))))........((((.......)))).)))))))....