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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00541



RNA: SPR_00541
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..(((...........)))((((((.......))))))...........(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((.....)).(((.......))))))))).)))......((((((....)))))).)))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((....(((........)))...)))))))..........((((((....)))))).)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((.......(((....)))....))))))).)))......((((((....)))))).)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................((((((.......))))))...........(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((......((((((.......))))))......)))..(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((......((((....))))...))))))).)))..(...(((((((())))))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((............[[[[[[[[.))))))).]]]]]]]].(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((.[[[[[[[)))...((((....))))...]]]]]]]....(((...[[[[[.)))...]]]]].))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.(((((((......((((....))))...)))))))))........(((((......))))).)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.(((((((......((((....))))...)))))))))........(((((......))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.....................)))))))..........(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))))((((((((((((..)))))))))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.(((((((......((.....))......)))))))))........(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((............[[[[[[[[.))))))).]]]]]]]].(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).)))))............(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).)))))............(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.((((((((.....)).(((.......)))))))))))..(.....)(((((....)))))..)))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((......((((....))))...))))))).)))).....(((((.......))))).))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((.....................))))))))).)...((([[[[[...)))]]]]].)))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....(((...........)))((((.......)))).)))))....(((..(((((...........)))))...))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((......((((....))))...)))))))..........((((.......))))..)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((......((((....))))...))))))).)))).....(((((.......))))).))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((......((((....))))...)))))))..........((((((....)))))).)))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((.((.....))((((.......))))))))).))))((...((((((....))))))))))))))....
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.....................)))))))...........((((......))))..)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.(((((((......((((....))))...)))))))))........(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((......)))......((((.......))))...............((((((....)))))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((......)))......((((..[[[[[))))...(((.]]]]]...)))(((....)))....)))))))....