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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00544



RNA: SPR_00544
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..(((...........))).(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((...))...((((.......))))))))..))).....(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((........(((...)))......)))))..)))..(((((....)))))......)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...........))))(((((.......))))).(....)......(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((..[[[[[....)))))).............]]]]]..((((....[[[[[.))))..]]]]].....))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...........))))(((((.......))))).(((...)))...(((((.......))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...........)))))).(((.(((....))).))).........(((((.......))))).))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...........))))(((((.......))))).(((...)))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..)))....((((((((((.......))))).(((...)))((((((..))))))))))).)))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).............(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).............(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...........))))(((((.......))))).((.....))...(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...........)))))).(((.(((....))).))).........(((((.......))))).))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...........))))(((((.......))))).(((...)))((([[[[[...))).]]]]])))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.((((.......................))))...))).....(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((.......................)))))..........(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...........)))))).(((.(((....))).))).........(((((.......))))).))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((...(((..((.....))...))))))))..))).....(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...........)))))).(((.(((....))).))).........(((((.......))))).))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.........)))))(((((((...)))))))(.......)....((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((...................................))......(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...........)))))).(((.(((....))).))).........(((((.......))))).))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....((((((.....))).))).......)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((......[[[)))...(((((((((.......)))))]]]..((((((.....)).)))).....))))....)))).