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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_00561



RNA: SPR_00561
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((..((((((((((.......))))....))))....))....))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((........))))..((((.......)))).)))))).((((((((..((....))))))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((........)))).(((((.......))))))))))).((((((((..((....))))))))))
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((........))))..((((.......))))......(((((.......))))).))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.(....).)))).(((((.......))))))))))).((((((((..((....))))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((.[[[[[..)))).(((((.......))))))))))).((((((((..]]]]]...))))))))
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........))))(((.[[[[.....)))...]]]](((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((........)))).(((((.......))))))))))).((((((((..((....))))))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...((((........)))).((((((....).))))).)))))..(((((((..((....))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((([[.......)))))))))))]]..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((..))))))))(((((((..)).))))))))))))((((((((..(((..)))))))))))
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((........)))).(((((.......))))))))))).((((((((..((....))))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((........)))).(((((.......))))))))))).((((((((..........))))))))
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).......................(((((.......)))))))))...))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((........)))).(((((.......))))))))))).((((((((..((....))))))))))
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RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((........))))..((((.......)))).)))))).((((((((..........))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.........................................(((((.......))))))))))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((........)))).(((((.......)))))))))))..(((((((..((....))))))))).
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...((((........)))).(((((.......))))).)))))..(((((((..((....))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....[[[[.)))))..]]]].(((((.......))))).(((.((((..{{{{...))))...}}}}))).