CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_01088



RNA: SPR_01088
Rfam family: tRNA

GGGGCCGUAGCUCAGCCAGGCAGAGCGGCGGGCUCCAGACCCGUAGGUCGGGGGUUCGAAUCCCCCCGGCCCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((...)).))))...(((((((.((((....)))).))))))).........)))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))......
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((((((....)))))).)))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.((...)).)))).)))).)))).........(((((((((........)))))))))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.(((.))).)))).)))).)))).........((((((((((....)..)))))))))......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.[[[.....))))]]].)))))).........(((((((((........)))))))))......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((.....[[[[)))..]]]]..((((....))))(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((.........)))..(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).......................(((((.......))))))))))...)).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((...)).))))..((..((((.((((....)))).))))..))........)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((.......[[[[))).]]]].(((((....)))))..)))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........))))..((((((((.((((....)))).))))))))........)))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........)))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.(((.........)))))))).).((((....))))(((((........)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((.........)))(.(((((.((..))))))))....((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).......................(((((.......)))))))))))...).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((...)).))))..((..((((.((((....)))).))))..))........)))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.((...)).))))..((..((((.((((....)))).))))..))........)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....