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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SPR_01157



RNA: SPR_01157
Rfam family: tRNA

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((....))).((.(((((((.......))))))).)).((((.......))))))))))))....
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.............((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))).....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((....)))....(((((((.......)))))))....(((((....))))).))))))))....
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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))((((((.......))))))....((((((....).))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))((((((.......))))))....(((((((())).))))))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((.....[[[[[[[))))...]]]]]]]...(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((....)))....(((((((.......)))))))....((((.......))))))))))))....
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Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))...)))).
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RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................(.......................).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......))))))...)).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((....))).((.(((((((.......))))))).)).((((......)))).))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((....))).((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((....))).((.(((((((.......))))))).)).((((......)))).))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))......((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.[[[[..))))...(((]]]]...)))........((((.......)))).)))))))....