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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00003



RNA: SRP_00003
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((..............)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....(((((((..(....)...)).))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................(((((.(((((((((((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))....(((((......((((....(((....)))....))))..))))).)).))))).)))))))).....)))))....................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((..............)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((...(((((((((((((....(...((((((((((((.(.((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).)))))...))))))....)))))).)....))))))))))....))).)))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....(((((((..((()))...).)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((....(((...))).)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((....(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).)))))))...))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((....(((...))).)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........((((((((((((((((((((((.(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))....((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....(((((((...........)).))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((....((.....)).)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........((((((((((((((((((((((.(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...((((((....))))))....(((....))).....(((....)))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((....(((...))).)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((........((((((..(((((....)))))....))))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).)))))))...))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((....(((...))).)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((....(((...))).)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........((((((((((((((((((((((.(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...((((((....))))))....(((....)))...............))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((..............)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((........((((((..(((((....)))))....))))))...(((((((.....((((..................)))).)))))))...))))).)))))))))....)))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((.(((((..(....)...))))).)).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.......((.(((.....))).))..(((((...........))))).(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).)))))))...)))))).((....))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((.(((((..(....)...))))).)).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((....)))))))((((((...(((((((((((((......).))).))((((((((.(((((((((((((..((((((((((((((.(..(...((((((((((((((((((((((.(..((((((((..((..))))))).)))..)))))))..((((((((((..((((((((((((..))))))))))).)..).))))..))))))))).))).)))).)))))....)))))))))))...).)))))))))))))))))).)))))))).))).)))....)).))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((.(((((...........))))).)).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........(((((((((((((((((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).))))).))))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((....(((...))).)))))).......(((((.(((((((.((((((((((((((..((((((((((((((........((((((((((((..(((((((..(((((.(((((.(((....))).)))))...)))))...(((((((.....((((....(((....)))....)))).))))))))).)))))...))))))....))))))......))))))))))....)))))))))))))))))).))))))).))))))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......))))))........((((....((((((...........))))))...(((....(((((((......))))))).((((.......))))....((((.......)))).))).((((((..(((((....)))))....))))))...((((((....))))))..(((.(((..((..........))))))))..(((.(((((.......))))).((((.....)))).(((((.....))))).((((((((........))))))))....))).))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((....)))))))......((((((....((((((...........))))))...((((...(((((((......))))))).((((.......))))..(((....)))(((((((......{{{{)).))))).((((((((....))).}}}}.((((((....))))))..)))))......)))).((((.[[[)))).....)))((((...]]].)))).((((......))))..(((.....)))...))).(((((........)))))...((((((....))))))