RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00006

RNA: SRP_00006
Rfam family: Metazoa_SRP

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((........)))))....(((........)))))))(((((((((..(((((...((.((((....(((.((((((...(((.((((.((..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).)))).(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...)))))))))))))).))).))))))))))))).)).....)))))..))))))))).......
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((.((.((((........)))).))..))).)))...(((((((((..(((((((..((((((....(((.(..((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).)))))))..)))))))).))..)).)))))..))))))))).....))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................(.((......((.(...).))....))....).(((.((((...)))).)))....(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))).......(.(........(((....(((....)))....))).......).).)))).)))...........................................................................
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Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))...(((((....)))))....(((((((((.........................(((((((................................(((((((((.....(((((((((((((....))))))))))))).............(((((..................................))))).)))))))))..............................)))))))......................))))))))).......
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((......)))).......((........))......((((......(((((...(((((((....(((.(((((...(((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))......))))........
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........)))))..................))))(((((((((..(((((.(.((.((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).)))))....(..(((((.(....(((....(((....)))....)))..).)))))).)))).)))..))))))))...)))))))..)))).))))))))))))))))).))..)..)))))..))))))))).......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))....((((......)))).....((((((((..(((((...((.((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........)))))....(((........)))))))(((((((((..(((......((((((....(((.((((((...(((.((((.((..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).)))).....(((((.........(((....(((....)))....))).....)))))))))).)))..)))))))...)))))))))))))).))).))))))))))))).)).......)))..))))))))).......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...)).)))))....(((((....)))))))))(((((((((..(((((((.((.((((....(((.(((((((..(((.((((..(..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).)))))....(..(((((.(....(((....(((....)))....)))..).)))))).)))).)))..))))))))...)))))))).)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))).......
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........)))).....(((........))).....(((.((....(((((((.(((((((....(((.(((((((..((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))....)).)))........
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((.[[[[[..)))))........]]]]].........(((((((((..(((((......((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((...(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))...(((((.........(((....(((....)))....))).....)))))..))).)))..))))).....))))))))..)))).)))))))))))))))))........)))))..))))))))).......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((.((.((((........)))).))..))).))).)).((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((([[[.[[.[[[[...))...]]]].]]..]]]...))))(((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))...((..((((......(((....(((....)))....)))....))))))..))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))).......
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......)))))).....((........)).))).(((((((.(..(((((((.(((((((....(((.((((((((..(((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))........
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((.((.((((........)))).))..))).))).)).((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.((((.((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))...(((((....)))))(((((.....((((((......(((((....))))).(((((((...))).((((((((((((.(((..))).....[[[[[))))))))))))....))))....)))))).........(((((((......(((((.((((........))))....]]]]]........)))))........(((((..((((((...))))))......)))))....))))))))))))...(((((...)))))............
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((.((.(((..........))).))..))).)).))).((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))........
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........))))).....((((....))))......((((((((..(((((...((.((((....(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).)))..)))))))...)))).)))..)))).))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((......))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((....(((.(((((...(((((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))).......
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((.((.((((........)))).))..))).)))...(((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))).......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((....((((........)))).....))).)).)))(((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.((..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))).)))..))))))))...))))))))))))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))).......
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((..(((((((((..(((((..((((...((((........))))......(((((....)))))...((((((....(((((......((((...))))........)))))((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))............((((........))))....)))))).....))))..)))))....))))....)))))))))))))))(((((((((.....................))))).))))..............
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RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................(((........))).....((((......(((((....((((((................................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........)))))....(((((....))))).....((((((((..(((((...((.((((....(((.(((((........((((.....(((.((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).)))..)))))))...)))).)))..))))......)))))))))))).)).....)))))..))))))))........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((.((.((((........)))).))..))).).)))).((((((((..(((((((..((((((....(((.(..((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((.(....(((....(((....)))....)))..).))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).)))))))..)))))))).))..)).)))))..))))))))........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((........)))))....(((((....)))))))).(((((((((((((...((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..))))))....))))))))).......
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................(.....)....(((.......))).....(.(.(.........(.(..(...((...(...((.(((((.......(((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))).).......)))))))....)........))................)..).).....................).).)...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((........))))......((........)).)))..((((((((..(((((...((.((((.....((.(((((....(((.((((.....((((((((((.((((..(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).)))...))))))...))))))))..)))).)))..))))))).)))).)).....)))))..))))))))........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((.((.((((........)))).))..))).).))))(((((((((..(((((((..((((((....(((.(..((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.((((.((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))).)))..)))))))...))))))))..)))).)))))))..)))))))).))..)).)))))..))))))))).......
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((...)).))))))...((((......))))....(((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))).......
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((........))))))...(((((....)))))((((((....((((........(((((....)))))...((((((....(((((.((((((((...((.........))...)))))))).((((((((.((((....)))).))))))))...)))))...........((((........))))....))))))..........)))).((((.(((((..(((((.....)))))......)))))...))))...))))))...((((.....))))............
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((...)).))))))....((((....)))).((((((....((((((...((.(((((....)))))..(((((...{{{)).)))aaaaa(((.....)))....))..AAA(((AA}}}......bbb.)))...)))))).BBB.......((((((..<<<<<....((((........)))).........))))))...>>>>>..((((.((((....((((.[[[.))))...]]]..))))...))))...))))))...((((.....))))............

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