|
|
|
AUGCAGUCACCGCACCUCUGUGGAUGCCGCCAUGCCAGAAGCAGUGCUGUGUAGGCAGCGCCUGUGGUGGCUUAAAUGGGUGAACGGGCCAGGGCGGUAACGCAGCAACCAUAAGCCCAGUGGCACGCAGUCUGCAGUCCCGUGCGUAGCAUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(....((.(.(((((.(..((((.(((.(((((((((..(...(((((((....)))))))...)..))))(...)(((((.....((.....(((....))).....))....))))))))))..)))..))))).....)))))).))...).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.((((..(((((..(((..(((((.(((((((((...((((((((((....)))))).))))..)))).....(((((....((......(((....))).....))....))))))))))..))).))..)))....)))))..).))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((..((((((((((..((((((((...((((((((((....))))))).)))..))))....))))........(((((((((((.........)))....))))..))))..))).)))))))....)))))..))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......(((((..((((((((((.((((((((....((((((((((....))))))).)))...)))......((((............(((....)))...........)))).)))))..)).))))))))....)))))..))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((..((((((((((.((((.........(.(((((((....)))))))..)........................................................))))..)).))))))))....)))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((....))....((((((.((..(((((((((....(((((((((....)))))).)))...)))).....(((((.....((.....(((....))).....))....))))))))))...))..)))))).....(((...))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((..((((((((((.(((((((((...((((((((((....))))))).)))..)))).....(((((....((......(((....))).....))....))))))))))..)).))))))))....)))))..))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..[[[[[))).....((((......))))((((...((((((((((....)))))).))))..)))).......]]]]]....(((.[[[[)))................]]]].((((.[[[[[..)))).......]]]]]........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.((.((((..((((((((((.(((((((((...((((((((((....)))))).))))..))))......((((....((......(((....))).....))....)))).)))))..))).)))))))....)))))).))..... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((..(((..(((((.(((((((((...((((((((((....)))))).))))..)))).....(((((....((......(((....))).....))....))))))))))..))).))..)))....)))))..))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((..((((((((((.(((((((((...((((((((((....))))))).)))..)))).....(((((....((......(((....))).....))....))))))))))..))).)))))))....)))))..))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((.((((.((((((..))))))))))(((...)))(((((((((((((((((((..((((..((((((((.........(((((..)))))))))))))))))))))))))..)))))))))))....)))))..))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....(.(((((..((((((((((.((((.((((...((((((((((....))))))).)))..)))).....(((((....((......(((....))).....))....))))).))))..))).)))))))....)))))).))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((..((((((((.(((((.[[[[[.......[[[[[[[[((((...))))....((((((............)))))).)))))..]]]]]]]].............]]]]]....))))))))....)))))..))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((..(((..(((((.((((.((((...((((((((((....))))))).)))..)))).....(((((....((......(((....))).....))....))))).))))..))).))..)))....)))))..))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....(.(((((..((((((((((.(((((((((...((((((((((....))))))).)))..)))).....(((((............(((....)))...........))))))))))..))).)))))))....)))))).))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((..((((((((..((((..((((......(((((((....)))))))......)))).......)))).....((((((((...................))))..)))).....))))))))....)))))..))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((..(((..(((((.(((((((((...((((((((((....)))))).))))..)))).....(((((....((......(((....))).....))....))))))))))..))).))..)))....)))))..))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....)).(((((..((((((((((.(((((((((...((((((((((....)))))).))))..)))).....(((((....((......(((....))).....))....))))))))))..))).)))))))....)))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((..(((..(((((.(((((((((...((((((((((....))))))).)))..)))).....(((((.....((.....(((....))).....))....))))))))))..))).))..)))....)))))..))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.((((..))).).(((..((((.(((((((..))))))))))))))..)))))))))).(((((((((..(((((((((((.((.(((((((.............))))))))))))))).)..))))...))))))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((......(((((..(((..(((((.(((((((((...((((((((((....))))))).)))..)))).....(((((....((......(((....))).....))....))))))))))..))).))..)))....)))))..))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(((((..(((..(((((.(((((((((...((((((((((....))))))).)))..)))).....(((((....((......(((....))).....))....))))))))))..))).))..)))....)))))..))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....))))).(((.(((((.......((((((((((....)))))).))))...((((..............)))).((((...................)))).))))).((((.............))))..))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...(((((....))))).((((((..........((((((((((....)))))).))))...((((..............)))).((((...................)))).))))))......))))).....(((.....)))... |