RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00011

RNA: SRP_00011
Rfam family: Plant_SRP

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((.......)))..))))..((((((...(((...((((.(((...(((((((((.(((....)))..(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((..(((......((((((((((((.(((((....))))))).))))))))))..((((((((((....(((((((((....))))))......))).....))))))))))...))))))))))....)))))))..)))))))))))))....)))))))))...)))))))..))).....)))))).
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Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....)))................................................................................(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((....................................))))).)))))))))...........................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).......(((....))).........((((.(...((((((((.((..(((.(((((.((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).))))))))......))))).))))).))).))).))...).))))...
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((........))))).....(((....))).........(((((((..((((((((.....(((.((((((((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((.((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))))).....)))))).)))...)).)))).))..)))))))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................(((....((((..((((.(((...((((((((..............(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.(((((.....((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))...(((((((((.((.(((((((((....))))))......)))))...))))))))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....))))))))...))))))).))))......)))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.(((........))).))....(((....)))........((.(((((..(((((...((.(.(.((((((..((((((((...((((.......(((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))..)))).)))))))).......)))))).)).))...)))).)..))))).))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..................((((.....)))).(....)..)(((..(((((..(((((((.((..((.((((((.((((((((((...((.((.....(((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......(((((.....((((....(((......)))....))))....))))))))))))))..)))))))....))))))).)).))))))))))).....).)))))).)).)).))))).))..))))).))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................((.....))(((((...((((..((((.(((...(((((((((........((...(((((((((..((((.(.....(((((((.((.(((((.(((((.....((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))...(((((((((.((.((((((((((())))))))......)))))...))))))))))))))..)))))))....)))))))).))))))))))))).)).)))))))))...))))))).)))).....)))))..
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((.[[[..)))..]]]((((((...((((..((((.(((...((((((((..(((....)))..(((((((((..((((.......(((((((....(((((.....(((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).....((((........((((....(((......)))....)))))))).....)))))......)))))......)))))))..))))))))))))).....))))))))...))))))).)))).....)))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........))).((((..(((....))).)))).((((.(((((..(((((((.((..((.((((((.((((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).....((((......))))((((.((((.(((...))).)))).).))).....)))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....).)))))).)).)).))))).))..))))).))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................(((....((((..((((.(((...((((((((..............(((((((((..((((.......(((((((....(((((.(((((.....((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))...(((((((((......((.....(((......))).....)).....))))))))))))))..)))))......)))))))..))))))))))))).....))))))))...))))))).))))......)))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......)))))))....(((....))))))...(.((((((((..(((((((.(((.(.(((((((((((((((((..(((((.....(((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))).......((((....(((.((...(((......)))..)))))....))).).)))))))))..)))))))....))))))))))))))))))))))).....)))))))).))))).)))).))..))))))))).
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))..((...(((....)))..))....((.(((((..(((((((.((..((.((((((.((((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.(((.......((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))..((((((((((.......((((.((((.((.....)).)))).)).)))))))))))).)))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....).)))))).)).)).))))).))..))))).))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((....[[[[[[[[[.[[[[[..................[[[[[[[[[.............[[[[[[[[[..[[[[.......[[[[[[[((((........))))....((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))..[[[[[[[[[[...))))))...((((...........))))......]]]]]]]]]].................]]]]]]]..]]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]]]......]]]]].]]]]]...]]]]...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((..(((....))).))).....(((((((.........((..........))..((((((((....(((.......(((((((((...((((.(((((((((.((((((..((((((..((....))..))))))..))))))........((((......(((....(((......)))....)))....))))..)))))))))..)))).))....)))))))..)))..))))))))..............................)))))))...
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PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..........))))(((..(((....))).))).....(((((((..((((((((.....((..((((..((((((((...((((......((((((((.((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(.(((((......((((...((((...).)))..)).))....)))))).))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).......))))..))...)))).)).))..)))))))...
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.((...))))).((((..(((....))).))))......(((((....(((((........((((((..(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((((......((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))..((((((((((.......((((.((((.(((...))).)))).)).))))))))))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))).......)))))).......))))).....))))).....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................(((((((((.(((((........((((((((...((((.(((((...))))).))))...(((((((((......)))))))))))))))))..((((((....((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))....((((((.(((((((........)))))))..........((((.....(((((......)))))..))))..((((.........))))..))))))....))))))......))))).)))))...))))...
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))............................(((((.........................(((((((((.............(((((((....(((((.(((((((((.((((((((((....................)))))))))).......(((((....(((((((((....))))))......)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))......)))))))))..............................))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((....))).........................................((((((.....(((........(((((((.((.(((((.((((((((..((((((..((((((((((....))))))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....)))))..))))))))..)))))))....)))))))...)))...))))))........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((..(((....))).))).....(((((((..((((((((.....((....((..((((((((...(((........(((((((((...((((.(((((((((.((((((..(((((((.((....)).)))))))..)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))...))).)))))))).(...).))....))...))).))).))..)))))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))...(((((((((.((....))....((((.(((...(((((((((..((.....))..(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......(((((.(..(((.((...(((......)))..)))))..).))))).)))))..))..)))))))....)))))))..)))))))))))))....)))))))))...)))))))..)))))...))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((...))...((((.(((((..(((....)))....)))))..........(((((((((.((.....))...(((((((((..((((........((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......((((..(((.((.((...(((......)))..)))))))..))))..)))))..))..)))))))....))))))...)))))))))))))....)))))))))...))))..))).((......))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))...(((((((((.((....))....((((.(((...(((((((((..((....))..)(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))...((((((((....))((((....(((......)))....)))))))).))..)))))..))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....))))))))...)))))))..)))))...))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((........))))(((..((((.((((((((((........((((.((.(((((((.((((.(((((((((((((((..(((((((((((..)))))))))))))))))))))..)))))....(((((((((((.(((((...).)))))))).))))))).(......)((((..))).)(((((((..))))))))))))))))))))))))(((((((..)))))))((((((((.(((.((((((((....))).))..))).)))..)))))))))))))))))).)).))))).
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................(((..((....)).........(((...((((((((..............(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).................((.((...(((......)))..))))...........)))))..))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....))))))))...))).......)))...........
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))..(((..(((....))).)))....((.(((((..(((((((.((..((.((((((.((((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))).......(((((.....((((....(((......)))....))))...))))).)))))))))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....).)))))).)).)).))))).))..))))).))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((........)))...(((((((((.((....))....((((.(((...((((((((...((.....))..(((((((((..((((.......(((((((.((.(((((.((..(((((.((((((((((..((((((....))))))..))))))))))...(((.(.((....)).)..((.((((.((.....)).)))).))...)))..)))))..))..)))))))....)))))))..))))))))))))).....))))))))...)))))))..)))))...))))...
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Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..........((((....)))).(((.....<<<<<.......))).(((....((((.[[[.))))...((((....]]]))))((((((.....)))))).))).((((.....)))).....(((....))).(((((....))))).>>>>>...((((.....aaaa))))..AAAA....((((.((((....)))).(((...{{{{{.))).(((}}.}}}..)))......((((....))))....)))).....))).(((((...........)))))...........

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