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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00012



RNA: SRP_00012
Rfam family: Plant_SRP

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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........)))))).((((((((..........[[[[[[[[[[....[[[[[[[[....))))))))......................]]]]]]]]((((......(((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))....(((((........((((((((((..)))))))...))).)))))........)))))))((((((.((((((..................)))))).......))))))............)))).]]]]]]]]]]
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((.....))).....((((((((((..(((.((.((....((.(((((((.....(((.((((...((.((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))........((..((((...(((....(((......)))....)))..))))..)).))))))))..)))))))....)))))))).))...))))))).....)))))))..))...))...)).)))..))))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((.....))).....((((((((((..(((....((((.....(((((((.....(((.((((......((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))))......((((((...........((((...........))))........))))))))))))..)))))))....))))))))......))))))).....)))))))....)).))......)))..))))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))......((((((..........((((((((................((((((...))))))..((((........(((((((....(((((.(((((....(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))........((((((...........((((...........))))........))))))....)))))...)))))..))))))).......)))).)))))))).......(((((((........))))))))))))).
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........)))))....(((....))))))...((((((((((..(((..(.((....((.(((((((.....(((.((((...((.((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))........((..((((...(....)((((.((.....)).))))...))))..)).))))))))..)))))))....)))))))).))...))))))).....)))))))..))...))...)..)))..))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...((..))((..))...)))))((........).)..(((((((((((((((..............((((((((((((.((..((((((....((.((((..)))).)).((((((.(.((((((((((((((((((...).)))))))))))))))))...(((..((.(((((....(((((((..)))))))..(((...)))))))).)).)))))).))))..((((((((((((........))))))))))))))))).)))))))))))).)))..)))))))))))))))
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...((.......)).....((((((((((..(((..(.......((.(((((((.....(((.((((......((.((((((.(((.((((.((((((((.(((((((.((((((((((....)))))))))).)))))))...................(((....(((......)))....)))...........))))))))..)))))))....))))))))......))))))).....)))))))..))........)..)))..))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..(((..(.......((.(((((((((.((((....(((.....((.((((((.(((.((((.((((((((.((((((..((((((((((....))))))))))..))))))........((..((((...(((....(((......)))....)))..))))..)).))))))))..)))))))....)))))))).)))..)))).))).....))))))..))........)..)))..))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........)))))).((((((((...((((......((......))....)))).....))))))))..(((.((((........))))....(((((((((....)))).((((.((((....)))).((((....)))).)))).)))))..(((......))).))).....((((((....))))))......(((.(((((.............))))).((((((..................))))))........))).((((((........))))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((.......aaa))).(((.........{{{{)))....cccccc.((((....))))......(((((..[[[)))))....)))..........]]]CCC...CCC..((((((((...(((....))).(((((....))))).))).<<<<((((....))))<<<<<<......((((((....))))))...)))))........>>>>>>.......(((..bbb..)))....(((.(((.BBB.)))>>>.....(((>}}}))))))....}AAA..............