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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00015



RNA: SRP_00015
Rfam family: Plant_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..((..((...((((..((((((((((((((...((((((((...((((........))))..))))...((((((((..(((((.......)))))..(((((....(((((...(((...((((((((((((...............))).)))).)))))...)))...)))))...)))))..))))))))..)))).)))))))).....))))))..)))).....))....))..))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((.............................................(((((((..........(((((((((((((((((((((((.......)))).....)))))))))..........((((....................................)))).)))))))))).............)))))))...............................................))))))))))
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((........))).......(((....))).........((((((...((((((((.(((((.((((((((((((((...((((.......(((((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))..)))).)))))))).....)))))).))))).)))..)))..))...))))))...
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......)))))).....(((....)))......((((((((((..((((((((.(((((.((((((((((((((...((((......((((((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))))))))..)))))......)))))))).)))).)))))))).....)))))).))))).))..))))..))..))))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..........)))))....(((....)))......((((((((((..(.......(((((..((((((((((((((.(.((((...(..(((......((..((((.((((.((((((((((((((.(.(((((....))))).).)))))))))..........((((.((.(.......((((.(((....))))))))..)))))).))))).))))..)))).))....)))..)...))))))))))))).....))))))..))).))..........)..))))))))))
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........)))))....(((....))))))...((((((((((.....((((((((((....))))((((((((...((((.....((.((((((.((..((((.((((.(((((((((......(((.......((......))....))).......))))((((......(((....(((......)))....)))....)))).))))).))))..)))).))....)))))))).)))).)))))))).....)))))).(((........)))......))))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..((.(((..(((((.(((((((((((((((.(.((((...((.(((...((.((..((((.((((.((((((((((((((.(.(((((....))))).).))))))))).......(..((((.((((.......((((.(((....))))))))).)))))))))))).))))..)))).)).)).))).))...))))))))))))).....)))))).)))).))....)))..))..))))))))))
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..((.(((..(((((..((((((((((((((.((.(((....(((.((((((((...((((.((((.(((((.((((((((...(((((....)))))...)))))))).(((...))).((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....))))))..))).))....)))..))..))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((....)))......((((((((((..........((.....((((((((((((((.((.(((......((([[.((.((..((((.((((.((((.(((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........(((.((....(((....(((......)))....)))...)))))..)))).))))..)))).)).)).)))]]....))))))))))))).....))))))......)).............))))))))))
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((....))).......(((((((((..((.(((..(((((..((((((((((((((.(.((((....(((.((((((((...((((.((((.(((((.((((((((...(((((....)))))...)))))))).(((...))).((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....))))))..))).))....)))..))..))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...((((..))))......((((((((((.....(((((((((((..)))))((((((((....((((...(((..)))))))........((((.((((((((((((((...[[[[[[...........)))))))))..........((((............((((...........)))).....)))).))))).)))).((((.(((((....)))))...)))))))))))).....)))))).............]]]]]]..))))))))))
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))(((..(((....))).))).....(((((((.......((((........))))(((((((....((((.......(((((((((...((((.(((((((((((((((..((((((..((....))..))))))..))))))........((.((......(((....(((......)))....)))....))..)))))))))))..)))).))....)))))))..))))..)))))))................................)))))))...
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PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))(((..(((....))).)))...(((((((((..((((((((((.(((.(((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(..(((((......((((...((((...).)))..).)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).(...)))))).))).))))).).))..))..))))))))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))((..(((....))).))...((((((((((..((...(((...(((((((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).....(..(((((......(((....((((...).)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).))))))))......)))))))))...))).......))..))))))))))
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))((..(((....))).))....(((((((((..((((((((...(((.(((((.((((((((...((((......((((((((.((.(((((.(((((((((((((((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(..(((((......(((....((((...).)))....)))....)))))))))))))))..)))))))....)))))))).)))).)))))))).(...)))))).)))...))).).))..))..))))))))).
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......(((((.(((((.....)))))..((((((((.....((((..............)))).....((((((((...((((..((((.((((........)))).(((((.....(((((((((...(((((....)))))...))))))))).........(((((.................)))))....)))))....)))).(((((......))))).(((((....)))))..)))).))))))))..)))))))).....))))).....))))))...........
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...................((((((((((.....(((.........(((((.((((((((..............(((((((.....((((......((((.(((((((((....................)))))))))..........((((..........(((....)))................))))..)))).......)))).......))))))).......))))))))......)))))............)))......))))))))))
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..............)).((((((.(((....)))...)))))).((((((..((.(((..(((((..((((((((((((((.((.(((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....))))))..))).))....)))..))..))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........)))))....(((....))))))...((((((((((......(((((((((....))))(((((((.((.((((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....)))))((.((.......)).)).....))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))..((((....)))).....(((((((((((((((((((..(((((..)))))(((((((.((.((((..((((..((((((..))))))..))))..((((((((((..(((((((...))))))..(.(((..)))...)..((((...............(((((((.((......))))))..)))))))(((.((.(......)))))))..)))))))))))))))))))))))((...))))))))))).......((.....))))))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................(........).((.......))((...((((....(((.(......((...(.....((.......(..((((.(((.((((.(....))))).........((((......(((...(((..........))).)))....))))..))).)).))...............)..))...)....))...............).))).)...............)))...))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.(......).))))))...(((....))).......(((((((((..((..(...........((((.((((((((...((((.......((((((.((...(((..((((.((((.(((((((((.(.(((((....))))).).)))))))))..........((((......(((...(((..........))).)))....))))..)))).))))...))).)).....))))))..)))).))))))))......)))).............)....))..))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((....)))........((((((((.................(((..((((((((..(.((((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........(((..((.(((......(((......)))....)))..)).))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))).))))))).....)..))).....................))))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...(((....))).......(((((((((..((.(((..(((((.(((((((((((((((.(.((((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((......(((....(((......)))....)))....)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).....)))))).)))).))....)))..))..))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((...((.(((((..((((((.(((.....)))..))))))..((((((.((.(((...((((....))))(((((((.((.((((....(((.((((((.((..((((.((((.((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))))..........((((...((((......(((......)))....))))...)))).))))).))))..)))).))....)))))))))))))))))))))).))))).))))))..))))).))..))))))...........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))..((((..(((...((((.....))))....))).(((.(((((....)))))...........((((...........))))...))).((((...(((((.(((((((...(((((....)))))...))))))))))))...))))..))))..........((((((((....)))).(((.........)))...)))).((((.(((((....)))))...))))............(((((.((.((........))))..)).))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.....((((....))))......[[[[[[((((.......(((.....)))...((((((....))))))...(((.....)))..)))).(((........))).)))).......(((((((((...(((((....)))))...)))))))))..(((..((...{{{{{..)).))).((((((((....)))).(((..}}}}}..)))...)))).((((.(((((....)))))...)))).....]]]]]].(((((.((.((........))))..)).))).......