|
|
|
GGUGGGCUAGGCCGGGGGGUUCGGCGUCCCCUGUAACCCGAAACCGCCGAUACGCGGGGGCCGAAGCCGAGGGGAGGCCUGUCAAGCGGGCGGCAGCGGUUCCAGGCACCGCAGAGUCCUCGUCCCGGAGGGCCGGCGGUUAUGGCCGGGCUGCCCGGAGGGGCUGUCCGCCAUAUUAGCCGGGGGGAACGGCCCAGGCCCGGAAGGGAGCAGGCUAACCCCGGACGACCGGCGCUUCCGGGGGUGCGGGGAGGAGGUGCCUGGGGCUUCAAGCCGCCCGUAAGGCAGGUCGACCCGAGGCGUGCCCACC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((.....)))))))....((((..............)))))))).(.(((..(((..((((((((..(((((((((.(.(((((((((((((.(....(((((((((((((.(.(((((((.(((((.(((((.((((....)))).)))))))))).)..((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).)))))...))))))...))))))).).))))))))))))).)..)))))))))..))))))))..)))..))).))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.(((((.......)))))............((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((((.....)))))).....((((..............))))))))..............(.........)..................................(.((.....)).)(((.(.((((((.((((.((((....)))).)))))))))).).)))(((......((((....(((....)))....))))...)))........................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.(((((........)))))...........((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).)))))))))...))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((...((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))...))).)))...)))))......)))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((.......))))))...........((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((.(.(((((((((((((......(((((((((((((((((((((...((((((.((((.((((....)))).))))))))))...)((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))))).))))))))...)))))))...))))))))))))).)..)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((.....))))))).......................................(............................................((((((((((((((((((((((..((((....(((.((((....)))).)))...))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))..........................................)............... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.(((((........)))))....((((..............))))))))...(((..(((..((((((((...((((((((...(((((((((((((......(((((((((((((.(.((((..((((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))))..)))))...))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))...))))))))..)))..)))..))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((.....)))))))....(......((((......)))))))))...(((..(((..((((((((..(((((((((.(.(((((((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((....)))).))))))))))...)((((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...))))))))))))).)..)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((.......))))))....((((..............))))))).....(((((((..((((((.(..(((((((((.(..(((((((((..(......((((((((((((((((((((((..((((((.(((((((((....)))))))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)..)))))))))...).)))))))))..).))))))..)))))))...))))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((...((((((((......))).)))))....((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((....((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(.(((...((.((((((..((((((((...((.......)).)))).)))))))))).))..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..))).)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((((.....)))))))....((......(((......)))))))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((.(.(((((((((.((((((((((((..((((((((((((.....((((((((((((((((((((((((..((((.((((((((((....)))))))))))))).....((((((.(..(((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))).))))))))...))))))))..))))))))))))...))))))))))).)))))))))).).))))))..)))).). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((...((.((((((..(((((((.................))).)))))))))).))..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..[[[[[..((((((....((((.{{{{{{{{.....))))(((....))).))))))[[[[[[[[..[[[[[[[[[...[[[[[[[[[[[[[......[[[[[[[[[[[[[[[..}}}}}}}}...[[[[[.((((((((..((((((((((..........))).....)))))))....))))......)))).....))))))....]]]]].]]]]]]]]]...]]]]]]...]]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]]]..]]]]]]]]...]]]]]....))))))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((...(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((.((((((((((....)))))))))))))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))...)))))))..)))))))....))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((((((((.......))))))....((((.......(.....))))))))).....(((((((..(((((((...((((((((...(((((((((((((......(((((((((((((((((((.((..(((((..(((((((((....))))))))).)))))....((((((.....((((...((((....)))..).))))..)))))).))..)))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....))))))))...)))))))..)))))))....))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((...((((((((......))).)))))....((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...((..(((((((((......((((((((((((((((((((((..(((((.(((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))..))....)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(.(((......((((((......((((........[[[....))))]]]..)))))).....(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))))).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..))).)))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((...((((((((((((((((...............)))).))))))....))))))....((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((....(((((.(((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((..................))))..))))))....))))).)))))))))...))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..))))......))))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....(((((((((.......))))))....((((..............)))))))........((((.......((....((((((.(...((((((.............(((((....(((((.(((..((..(((((..(((((((((....))))))))).)))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).))...))).).))))(.....))))))..........))))))....).))))))....)).......)))).......)))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((...((((((((......))).)))))....((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((.(....((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...))))))).).)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((...))(((.((.(((((.((........))))))).)).)))...))).(((......(((..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))...)))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((...((((((((......))).)))))....((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...((..(((((((((.(....((((((((((((((((((((((..(((((.(((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...))))))).).)))))))))..))....)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..((((((((((((...))..)))))).).))((((((((.((...)))))))).)).((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((.(..(.((((((((((((((((((((.((((((((.((((((((((..)..)))))))))))))))).(((((((((...(.((((((((((..))))))))))).)))))))).).)))))).))))))))...))))))).)))))))))))))))..)).))))))))))))))))))))))))))))).))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................(...(.........)..................)...(.(....(..(.........(((..(..........((((((((.(((((((((((((..((.(..(((((.((((....)))).))))))..))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).)))))).)...))))))).....)....)))...................)....).........)..)....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.(((((.......)))))............((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((.(.((..(((((((((......((((((((((((((((((((((..(((((.(((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))..)).)..)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((.(((((.......)))))............((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...((..(((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))..))....)))))))))..))))))))..)))..)))..))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((.(((((........)))))...........((((......)))).))))...(((..(((((.(((((.....)))))....(((((.......)))))....)))))...((((....)))).(((....))).))).((((....))))....((((......((((.......))))...((((............))))..(((((((...........)))))))...((((.......(((((.((((........))))...)))))......)))).))))..)))))) |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((..((((..[[[[.[[.))))...]]]]]]..((((......))))..)))..((((...((((.(((((.....)))))....(((((....{{{))))).....aaaa.}}}).AAAAbbbbbb))))...BBB.BBB.((((....)))).))).(((......((((.......))))...((((.....<<<<<<.)))).(((((((....)))).)))>>>...>>>.((((.......(((((.((((........))))...)))))......)))).)))..))))))) |