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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00016



RNA: SRP_00016
Rfam family: Archaea_SRP

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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((((.......))))))....((((..............))))))))......(((((...(((.(((...((((((((...((((((((((.........(((((..((((((((((((.....(((((.((((((((((....)))))))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).....)))).)))))))).....)))))......))))))))))....))))))))...))).)))...)))))......))))))
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((((.....)))))))....(......((((......)))))))))...(((..(((..((((((((..(((((((((.(.(((((((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((((....)))).))))))))))...)((((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...))))))))))))).)..)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((...((.((((((..(((((((.................))).)))))))))).))..(((..((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..[[[[[..((((((....((((.{{{{{{{{.....))))(((....))).))))))[[[[[[[[..[[[[[[[[[...[[[[[[[[[[[[[......[[[[[[[[[[[[[[[..}}}}}}}}...[[[[[.((((((((..((((((((((..........))).....)))))))....))))......)))).....))))))....]]]]].]]]]]]]]]...]]]]]]...]]]]]]]]]]]]]....]]]]]]]]]..]]]]]]]]...]]]]]....)))))))
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...((((((((......))).)))))....((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...((..(((((((((......((((((((((((((((((((((..(((((.(((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))..))....)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((...((((((((((((((((...............)))).))))))....))))))....((((((((..(((((((((...(((((((((((((......((((((((((((((((((((....(((((.(((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((..................))))..))))))....))))).)))))))))...))))))...)))))))))))))....)))))))))..))))))))..))))......)))))))
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((...((((((((......))).)))))....((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...((..(((((((((.(....((((((((((((((((((((((..(((((.(((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...))))))).).)))))))))..))....)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((((((((((...))..)))))).).))((((((((.((...)))))))).)).((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((((((.(..(.((((((((((((((((((((.((((((((.((((((((((..)..)))))))))))))))).(((((((((...(.((((((((((..))))))))))).)))))))).).)))))).))))))))...))))))).)))))))))))))))..)).))))))))))))))))))))))))))))).)))))))
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.(((((.......)))))............((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((.(.((..(((((((((......((((((((((((((((((((((..(((((.(((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))..)).)..)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((.(((((.......)))))............((((......)))).))))...(((..(((..((((((((..(((((((((...((..(((((((((......((((((((((((((((((((((..((((((.((((.((((....)))).))))))))))....((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)).))))).))))))))...)))))))...)))))))))..))....)))))))))..))))))))..)))..)))..)))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.(((((........)))))...........((((......)))).))))...(((..(((((.(((((.....)))))....(((((.......)))))....)))))...((((....)))).(((....))).))).((((....))))....((((......((((.......))))...((((............))))..(((((((...........)))))))...((((.......(((((.((((........))))...)))))......)))).))))..))))))
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..((((..[[[[.[[.))))...]]]]]]..((((......))))..)))..((((...((((.(((((.....)))))....(((((....{{{))))).....aaaa.}}}).AAAAbbbbbb))))...BBB.BBB.((((....)))).))).(((......((((.......))))...((((.....<<<<<<.)))).(((((((....)))).)))>>>...>>>.((((.......(((((.((((........))))...)))))......)))).)))..)))))))