|
|
|
ACUUAAUCUGUCAUGGAUAACCUAGUGGAAGGCCUGCCGCUAAGUCAGUAACCUUGCUGCGGCAUUUGCCAGCGGGAAAGGUGCCCGGUACGAAUCCUGGGGUCGUCGUUGUACUCGUGCGAGUAAUCCACGAUGCUACAAGGCGCUAAGCAAUGGAAGUGAAUCUUGAGGGAAGCAAUUCUGCAGAGACACUUCCACCCUGGGAUGGCGUCGCCGGAGGACACCUACCCGUUACAGGGAAGUUGGCUGUUUGGCUGGACAACCGCAAUCUUCUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(((.(........).)))..(.((((..(.((.((((.((..(.(.(..(((.((.(......).)).(((((...(((((.(((((....(((((((((.((((..((((.(((((.((....)))))))...)))).))))(...)...(((((((...((((....(((....)))....)))).))))))))))))))))......)))))....)))))..)))))..)))..).).)..))..)))).)).)..)))).)..........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((.....))))......((((....((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((((((((.((....))))))).).)))))))))........((((((((..(((.(..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).)))))..)))))...))))))...)))).))....))))...........) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((..(((..((...(((.((((((..(((..........)))))))))...))).(((((...((((.((((((((..((((((((..(((((..(((((....)))))....)))))(((...........)))..((((((((..((((...((((....))))...))))))))))))))))))))...))).)))))....))))..)))))..)))))....(((.(((((....))))).)))..))))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((((..(((((((......................((((....)))).........(((.(((((((..(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))...)))).............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....))).............................))))))).........))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...)))((((((..((((((((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.((....)))))))...))))))))).........(((((((..((((...((((....))))...)))))))))))))))))))))..))).))))).)..))))).))))))...((((((...(.(((((....))))).)......))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((((..((...(....)...))))))))......((((((..(((((.((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.........)))))...))))))))).........(((((((..(((....((((....))))..)))..)))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))....(((((......((........)).........))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...........))..............(((.((((((((((........))))..))))))...))).(((((..(((((.(((((....((((((((((((((.(((((.(((((.((....)))))))...))))))))).........((((((...((((....(((....)))....)))).))))))))))))))))......)))))....))))).)))))....((((((...((.(((.........))).))...))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(....).........(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...)))((((((..((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((((((.((....))))))).).))))))))).........(((((((..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))))))..))).))))).)..))))).))))))..(((((((((((.((((((())))))).))..)).))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.......))........(((..(.((((((........(...((......................((..(((((.((((((((.(((((((((....(.(((((((((((.((....))))))).).))))))............(((((....((((....(((....)))....))))..))))).)))))))))..))).)))))....))))).)).........).)..)........)))))).)..)))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((.....))))....[[[[[[))).....]]]]]]...(((((....))))).(((....)))((((((..(((((.((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.........)))))...))))))))).........(((((((..(((....((((....))))..)))..)))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..(((((((.(((.(((((....))))).)))....))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((...)))).((....))..(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...))).(((((..((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..(((..((((......))))..)))..)))))))))))))))))..))).))))..)).))))).)))))...(((((((...((.(((.(......)))).))...))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.((((((.(([[........))]].))))))...)))((((((..(((((.((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..((((...((((....))))...)))))))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...((((((...((.................))...))))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....)))).......(((...((((((((................................(((..(.((((((((((((((.(((((((((.(((((.((((((((((.((....))))))).).)))))))))........((((((((..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))))))..))).))))))...))))).).)))...................))))))))...)))............. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.....))....((....))..(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...))).(((((..((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...))))))))).........(((((((..(((..((((......))))..)))..))))))).)))))))))..))).)))))..).))))).)))))....((((((...((.(..((......)).).))...))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((..((((((((((...........[[[[[..))))))...(((((((((..(((((.((((((((.(((((((((.((((((..((((((..))))))....))))))...]]]]]..........((((((((.............(((....))).....)))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...........))).....))))......))))............ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.....))).......((((...(((((........................((......)).........((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))...))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................)))))..........))))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.....)))......(((((...(((((........................((......)).........((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))...))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................)))))..........))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....))))..(((.[[[[.)))((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..((.((..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).)))))..)))))...))))))...)))).))....]]]]............ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....))))............(((.((((((..(((..........)))))))))...)))((((((..((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..(((.(((((......)))).))))..)))))))))))))))))..))).)))))..).))))).))))))..(((((((((.((.((.((......)))).)))).))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((.......((((...(((((((..(((((..((((...)))).((((((..(((((.(((((....(((((((((.........(((((....)))))........((((....))))........((((((((..((((...((((....))))...)))))))))))))))))))))......)))))....))))).)))))).)))))..)))))))...)))).......))))............ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................((((....)))).........(((.(((......(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))...))))..............(((((....((((....(((....)))....))))..))))).)))))))))(......))))....)))...................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....))))......((((..(.((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((((((((.((....))))))).).)))))))))........((((((((..(((.(..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).)))))..)))))...))))))...)))).)).)..))))............ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......((((.......(((.(((...(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..((.((..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).))))))))))).....)))).....)).(((....)))............. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....))))......((((..(.((.((((...((((((...(((((....(((....)))((((((..((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((((((.((....))))))).).))))))))).........(((((((..((.((..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).)))))..).))))).)))))).)))))...))))))...)))).)).)..))))............ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(......)..)))((....))(((((((((......).))).).)))).(((.((((..))))((((((.((((((.(((((((((((((((((((..(((.((((((((..))))))...))))).....(((......)))....(((((((..(((((((((((..)))))).)).))))))))))))))))))))).))).)))))(..))))))))))))).)))(((((((((((((........)))).).))).))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................(...).............(.............................................(.((.....)).)...........................(.............................................).............)...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....))))......((((....((.((((...((((((...(((((....(((....)))((((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((((((((.((....))))))).).))))))))).........(((((((..((..(..((((....)))).).))..))))))).)))..))))..))).)))))..).))))).)))))).)))))...))))))...)))).))....))))............ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....))))......((((....((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..(((.(..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).)))))..).))))).)))))..)))))...))))))...)))).))....))))............ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....))))....((((((........))))))...(((((....))))).(((....(((.........))).(((((........)))))...)))..(((..(((((.((....))))))).(((....))).....))).((((((((..((((...((((....))))...))))))))))))..((((((.....)).)))).(((.........(((((......)).))).((((....))))........)))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....))))......((((...(((((((((............<<<<<<))))))...(((>>>>>>...))).(((((..[[[...))))).]]].((((((..(((((.((....))))))).(((....))).....))))))...((((.((((...((((....))))...))))....(((.{{{.))).(((.....)))...............)))).}}}.....))).((((....))))..))))............ |