CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00018



RNA: SRP_00018
Rfam family: Fungi_SRP

ACUUAAUCUGUCAUGGAUAACCUAGUGGAAGGCCUGCCGCUAAGUCAGUAACCUUGCUGCGGCAUUUGCCAGCGGGAAAGGUGCCCGGUACGAAUCCUGGGGUCGUCGUUGUACUCGUGCGAGUAAUCCACGAUGCUACAAGGCGCUAAGCAAUGGAAGUGAAUCUUGAGGGAAGCAAUUCUGCAGAGACACUUCCACCCUGGGAUGGCGUCGCCGGAGGACACCUACCCGUUACAGGGAAGUUGGCUGUUUGGCUGGACAACCGCAAUCUUCUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..(((.(........).)))..(.((((..(.((.((((.((..(.(.(..(((.((.(......).)).(((((...(((((.(((((....(((((((((.((((..((((.(((((.((....)))))))...)))).))))(...)...(((((((...((((....(((....)))....)))).))))))))))))))))......)))))....)))))..)))))..)))..).).)..))..)))).)).)..)))).)..........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (....((((.....))))......((((....((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((((((((.((....))))))).).)))))))))........((((((((..(((.(..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).)))))..)))))...))))))...)))).))....))))...........)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((..(((..((...(((.((((((..(((..........)))))))))...))).(((((...((((.((((((((..((((((((..(((((..(((((....)))))....)))))(((...........)))..((((((((..((((...((((....))))...))))))))))))))))))))...))).)))))....))))..)))))..)))))....(((.(((((....))))).)))..)))).......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................(((((..(((((((......................((((....)))).........(((.(((((((..(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))...)))).............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....))).............................))))))).........)))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...)))((((((..((((((((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.((....)))))))...))))))))).........(((((((..((((...((((....))))...)))))))))))))))))))))..))).))))).)..))))).))))))...((((((...(.(((((....))))).)......))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((((..((...(....)...))))))))......((((((..(((((.((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.........)))))...))))))))).........(((((((..(((....((((....))))..)))..)))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))....(((((......((........)).........)))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...........))..............(((.((((((((((........))))..))))))...))).(((((..(((((.(((((....((((((((((((((.(((((.(((((.((....)))))))...))))))))).........((((((...((((....(((....)))....)))).))))))))))))))))......)))))....))))).)))))....((((((...((.(((.........))).))...))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(....).........(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...)))((((((..((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((((((.((....))))))).).))))))))).........(((((((..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))))))..))).))))).)..))))).))))))..(((((((((((.((((((())))))).))..)).)))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((.......))........(((..(.((((((........(...((......................((..(((((.((((((((.(((((((((....(.(((((((((((.((....))))))).).))))))............(((((....((((....(((....)))....))))..))))).)))))))))..))).)))))....))))).)).........).)..)........)))))).)..))).............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((.....))))....[[[[[[))).....]]]]]]...(((((....))))).(((....)))((((((..(((((.((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.........)))))...))))))))).........(((((((..(((....((((....))))..)))..)))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))..(((((((.(((.(((((....))))).)))....)))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((...)))).((....))..(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...))).(((((..((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..(((..((((......))))..)))..)))))))))))))))))..))).))))..)).))))).)))))...(((((((...((.(((.(......)))).))...)))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.((((((.(([[........))]].))))))...)))((((((..(((((.((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..((((...((((....))))...)))))))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...((((((...((.................))...))))))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.....)))).......(((...((((((((................................(((..(.((((((((((((((.(((((((((.(((((.((((((((((.((....))))))).).)))))))))........((((((((..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))))))..))).))))))...))))).).)))...................))))))))...))).............
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((.....))....((....))..(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...))).(((((..((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...))))))))).........(((((((..(((..((((......))))..)))..))))))).)))))))))..))).)))))..).))))).)))))....((((((...((.(..((......)).).))...))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((..((((((((((...........[[[[[..))))))...(((((((((..(((((.((((((((.(((((((((.((((((..((((((..))))))....))))))...]]]]]..........((((((((.............(((....))).....)))))))))))))))))..))).)))))....))))).))))))...........))).....))))......))))............
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((.....))).......((((...(((((........................((......)).........((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))...))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................)))))..........)))).....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((.....)))......(((((...(((((........................((......)).........((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))...))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).............................)))))..........)))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.....))))..(((.[[[[.)))((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..((.((..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).)))))..)))))...))))))...)))).))....]]]]............
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.....))))............(((.((((((..(((..........)))))))))...)))((((((..((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..(((.(((((......)))).))))..)))))))))))))))))..))).)))))..).))))).))))))..(((((((((.((.((.((......)))).)))).)))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................((((.......((((...(((((((..(((((..((((...)))).((((((..(((((.(((((....(((((((((.........(((((....)))))........((((....))))........((((((((..((((...((((....))))...)))))))))))))))))))))......)))))....))))).)))))).)))))..)))))))...)))).......))))............
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................((((....)))).........(((.(((......(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))...))))..............(((((....((((....(((....)))....))))..))))).)))))))))(......))))....)))......................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.....))))......((((..(.((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((((((((.((....))))))).).)))))))))........((((((((..(((.(..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).)))))..)))))...))))))...)))).)).)..))))............
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((......((((.......(((.(((...(((.((((((..(((.((....)).)))))))))...))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..((.((..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).))))..)).))))).))))))))))).....)))).....)).(((....))).............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.....))))......((((..(.((.((((...((((((...(((((....(((....)))((((((..((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((((((.((....))))))).).))))))))).........(((((((..((.((..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).)))))..).))))).)))))).)))))...))))))...)))).)).)..))))............
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((..(......)..)))((....))(((((((((......).))).).)))).(((.((((..))))((((((.((((((.(((((((((((((((((((..(((.((((((((..))))))...))))).....(((......)))....(((((((..(((((((((((..)))))).)).))))))))))))))))))))).))).)))))(..))))))))))))).)))(((((((((((((........)))).).))).)))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................(...).............(.............................................(.((.....)).)...........................(.............................................).............)......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.....))))......((((....((.((((...((((((...(((((....(((....)))((((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((((((((.((....))))))).).))))))))).........(((((((..((..(..((((....)))).).))..))))))).)))..))))..))).)))))..).))))).)))))).)))))...))))))...)))).))....))))............
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.....))))......((((....((.((((...((((((...(((((....(((....))).(((((..((((((((((((((.((((..(((.((((.(((((.(((((.((....)))))))...)))))))))........((((((((..(((.(..((((....)))).))))..)))))))))))..))))..))).)))))..).))))).)))))..)))))...))))))...)))).))....))))............
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.....))))....((((((........))))))...(((((....))))).(((....(((.........))).(((((........)))))...)))..(((..(((((.((....))))))).(((....))).....))).((((((((..((((...((((....))))...))))))))))))..((((((.....)).)))).(((.........(((((......)).))).((((....))))........))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.....))))......((((...(((((((((............<<<<<<))))))...(((>>>>>>...))).(((((..[[[...))))).]]].((((((..(((((.((....))))))).(((....))).....))))))...((((.((((...((((....))))...))))....(((.{{{.))).(((.....)))...............)))).}}}.....))).((((....))))..))))............