|
|
|
ACUUAUCUGUUAUGGAUAGUCGAGUGGGAGAUCAGCCGCUAGUCGGUGACCUUGCUAAGGUCUUGGCCAGCGCCGACUGGUGCCCGGUACGAAUCCUGGGGUUGUCGAUGUACUCGUGCGAGUAAUCCACGAUCGCUACACGGCAUUAAGCAAUGGAAGUGACCCUUGAGGGAAGCAAUUCUGCAGAGACACUUCCACCCUGGGGUGGCGUCAUCGGAUUACACCGUCGCGUUACAGGGAACCUGGCUGUAUGGUUGGGCAACCACUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(((((.......)))))..((((((..(.(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.(((((....(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))(...)...(((((((....(((....(((....)))....)))..))))))))))))))))......)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..))))))).)..)))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.....))))))).((((((..........(((((((((((..((.(((((....))))).)))))))))))))((((((((((.(((((((((.(((((.(((..(((((.........))))).....))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))))))))(((((...(((......)))..))))).((((...))))..)))))...)))))..)))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((((...(...........................(((....)))...........(((.(((((((..(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))....)))).............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....)))..................................)...))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....)))))...((((((..(.(((((((((((((((((..((.(((((....))))).))))))))))))).(((((.......)).))).............((....))(((((((.....((((((..............((((((((.(.((.(..((((....)))).))).).)))))))).......)))))).....)))))))..............................)))))).)..)))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.......))).....(((((....(((((((((((((((((..((.(((((....))))).)))))))))))))........................................((((((......(((.................((((((((.(........(((....)))......).))))))))..........)))......))))))..............................))))))....))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((.......)))))).((((((..(.(((((((.(((((((.(((((.....)))))......(((((.(((.((((.((((.(((...(((((((((((((.((((.(((((.((....)))))))....))))))))).........((((((....(((....(((....)))....)))..))))))))))))))....)))..))))....)))))))))))).........)))))))..))))))).)..)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....)))))...((((((..(.(((((((((((((((((..((.((((((())))))).)))))))))))))((((((.......)).)))........((((.(((())))(((((((..((.((((((..............((((((((.(.((.(..((((....)))).))).).)))))))).......))))))...)))))))))..........))))((...))...).....)))))).)..)))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.......)).......((((..(.((.(((....((((.........................(((.(..(((((.(((((.((.(((((((((....(.(((((((((((.((....)))))))..).))))))............(((((.(...(((....(((....)))....))).).))))).)))))))))..))..)))))....))))).))))............)))).....))).)).)..))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((((....(((....)))(((((.(((.((((.((((((((.(((((((((((((((.((((.(((((.........)))))....))))))))).........(((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))))))))..))).)))))....)))))))))))).))))).))).)))))..)))))))....)))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.....))))))).((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((...(((...((((....))))...))).)))))))))))))))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.......))))...((((((....((((((...((((((((.{{{{((..........))...))))(((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((...((((..((((....)))).)).)).)))))))))))))))))[[))).)))))....)))))))...]]..}}}}.....))))....))))))....)))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....)))).......(((....(((((((.))..........(.(....).)........(((..((.((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((((.((....))))))))...))))))))).........(((((((..(((((..((((....)))).).))))))))))).)))))))))..))).))))))...))))).))))).....................)))))....))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((.....))))))).((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....))))))))).........(((((((.(((....))).................))))))).)))))))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...))))))).((((((......((((((((((((((((.....((((((..))))))...))))))))))))(((((........)))))))))......))))))((((((((((((.....((((((..............((((((((.((((..))))..(((....))).....)))))))).......)))))).....)))))))....)))))...((((...))))......((((((..)))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....))).......((((...(...........................((......))......((..((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))....))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).))..............................)...))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....))).......((((...(...........................((......))......((..((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))....))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).))..............................)...))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((...)))))))).((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))))))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((.((((..((((...((((((((((((.....(((((....)))))...))))))))))))(((((........)))))..........(((((....)))))......)))).)))).)))).........((((((((.........((((....)))).......))))))))(((((..((((((..............))))))....)))))..(((((((....))))))).......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................(((.(((......(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))....))))..............(((((.....(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))............................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....))))))..((((((..(..((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..))))))..)..)))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((.((((..........)))).)))..)).((((((((((((..((.(((((....))))).)))))))))))))).((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).))))).....(((((.(((...((((...))))..))))))))(((....))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....))))))..((((((..(..((((((((((((((((..((.(((((....))))).)))))))))))))(((.(((.(....((..(((((((((.((((.(((((.((....)))))))....))))))))).........(((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))(((((((...(((......)))..)))))))...).))).))).....)))))..)..)))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....)))))((((......))).((((((((((((((((.(..(((((((..))))).)))))))))))))))(.(......)).(((((.(((((((.((((..((((.((....)))))).....))))))))))).((.(.((((((((.(.((((((((((..)))))).)).))))))))))).)))..((((((........))..))))........)))))..).))).....)((((((..)))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................(...)...............................................................(((....)))..................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....)))))...((((((..(..((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((..(((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....))))))))).........(((((((.(((....)))..(((....))).....))))))).)))..))))..))).)))))....))))))).))))..)))..))).)))))..))))))..)..)))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....)))))....(((((........)))))..((((((((((.....)))))..(((....))).)))))..(((((........)))))..((((..(((.((((((.((....)))))..(((((....................))))).....))).(((....))).)))..))))...(((((....)))))(((.((.((......)))).)))..((((.........)))).(((((....))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....))))).(((((.((.......(((.[[[[[.)))(((((.....))))).((((....))))]]]]]..(((((........)))))..(((((.(((..(((((.((....))))))).{{{.)))))))).............}}}.)))))))..(((....))).((((........(((((....)))))(((.((.((......)))).)))...(((.....))).)))).(((((....))))).... |