|
|
|
ACUUAUCUGUUAUGGAUAGUCGAGUGGGAGAUCAGCCGCUAGUCGGUGACCUUGCUAAGGUCUUGGCCAGCGCCGACUGGUGCCCGGUACGAAUCCUGGGGUUGUCGAUGUACUCGUGCGAGUAAUCCACGAUCGCUACACGGCAUUAAGCAAUGGAAGUGACCCUUGAGGGAAGCAAUUCUGCAGAGACACUUCCACCCUGGGGUGGCGUCAUCGGAUUACACCGUCGCGUUACAGGGAACCUGGCUGUAUGGUUGGGCAACCACUUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(((((.......)))))..((((((..(.(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.(((((....(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))(...)...(((((((....(((....(((....)))....)))..))))))))))))))))......)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..))))))).)..)))))).
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....))))))) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.....))))))).((((((..........(((((((((((..((.(((((....))))).)))))))))))))((((((((((.(((((((((.(((((.(((..(((((.........))))).....))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))))))))(((((...(((......)))..))))).((((...))))..)))))...)))))..)))))). |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((((...(...........................(((....)))...........(((.(((((((..(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))....)))).............((((((((..((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))...)).)))))....)))..................................)...))))).. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....)))))...((((((..(.(((((((((((((((((..((.(((((....))))).))))))))))))).(((((.......)).))).............((....))(((((((.....((((((..............((((((((.(.((.(..((((....)))).))).).)))))))).......)))))).....)))))))..............................)))))).)..)))))). |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.......))).....(((((....(((((((((((((((((..((.(((((....))))).)))))))))))))........................................((((((......(((.................((((((((.(........(((....)))......).))))))))..........)))......))))))..............................))))))....))))).. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((.......)))))).((((((..(.(((((((.(((((((.(((((.....)))))......(((((.(((.((((.((((.(((...(((((((((((((.((((.(((((.((....)))))))....))))))))).........((((((....(((....(((....)))....)))..))))))))))))))....)))..))))....)))))))))))).........)))))))..))))))).)..)))))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....)))))...((((((..(.(((((((((((((((((..((.((((((())))))).)))))))))))))((((((.......)).)))........((((.(((())))(((((((..((.((((((..............((((((((.(.((.(..((((....)))).))).).)))))))).......))))))...)))))))))..........))))((...))...).....)))))).)..)))))). |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.......)).......((((..(.((.(((....((((.........................(((.(..(((((.(((((.((.(((((((((....(.(((((((((((.((....)))))))..).))))))............(((((.(...(((....(((....)))....))).).))))).)))))))))..))..)))))....))))).))))............)))).....))).)).)..))))... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((((....(((....)))(((((.(((.((((.((((((((.(((((((((((((((.((((.(((((.........)))))....))))))))).........(((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))))))))..))).)))))....)))))))))))).))))).))).)))))..)))))))....)))))). |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.....))))))).((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((...(((...((((....))))...))).)))))))))))))))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.......))))...((((((....((((((...((((((((.{{{{((..........))...))))(((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((...((((..((((....)))).)).)).)))))))))))))))))[[))).)))))....)))))))...]]..}}}}.....))))....))))))....)))))). |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....)))).......(((....(((((((.))..........(.(....).)........(((..((.((((((((((((((.(((((((((.((((.(((((((((((.((....))))))))...))))))))).........(((((((..(((((..((((....)))).).))))))))))).)))))))))..))).))))))...))))).))))).....................)))))....))).... |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((.....))))))).((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....))))))))).........(((((((.(((....))).................))))))).)))))))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...))))))).((((((......((((((((((((((((.....((((((..))))))...))))))))))))(((((........)))))))))......))))))((((((((((((.....((((((..............((((((((.((((..))))..(((....))).....)))))))).......)))))).....)))))))....)))))...((((...))))......((((((..)))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....))).......((((...(...........................((......))......((..((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))....))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).))..............................)...))))... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....))).......((((...(...........................((......))......((..((((.(((((((..(((((((((....((..(((.(((((.((....)))))))....))).))............((((((...((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))))))...)).)))))....)))).))..............................)...))))... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))). |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((...)))))))).((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.(((((((((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))))))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))). |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((.((((..((((...((((((((((((.....(((((....)))))...))))))))))))(((((........)))))..........(((((....)))))......)))).)))).)))).........((((((((.........((((....)))).......))))))))(((((..((((((..............))))))....)))))..(((((((....))))))).......... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................(((.(((......(((((((((.......((((.(((((.((....)))))))....))))..............(((((.....(((....(((....)))....)))...))))).)))))))))(......))))....)))............................................. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....))))))..((((((..(..((((((.((((((((..(((.(((((....))))).(((((.(((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..))))))..)..)))))). |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((.((((..........)))).)))..)).((((((((((((..((.(((((....))))).)))))))))))))).((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).))))).....(((((.(((...((((...))))..))))))))(((....))).... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....))))))..((((((..(..((((((((((((((((..((.(((((....))))).)))))))))))))(((.(((.(....((..(((((((((.((((.(((((.((....)))))))....))))))))).........(((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))(((((((...(((......)))..)))))))...).))).))).....)))))..)..)))))). |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....)))))((((......))).((((((((((((((((.(..(((((((..))))).)))))))))))))))(.(......)).(((((.(((((((.((((..((((.((....)))))).....))))))))))).((.(.((((((((.(.((((((((((..)))))).)).))))))))))).)))..((((((........))..))))........)))))..).))).....)((((((..)))))).... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................(...)...............................................................(((....)))..................................................................................... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....)))))...((((((..(..((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((..(((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....))))))))).........(((((((.(((....)))..(((....))).....))))))).)))..))))..))).)))))....))))))).))))..)))..))).)))))..))))))..)..)))))). |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....))))))..((((((....(((((((.((((((((..(((.(((((....))))).((((.((((.((((.((((((((.((((..(((.(((((.((((.(((((.((....)))))))....)))))))))........((((((((.(((....)))..(((....))).....)))))))))))..))))..))).)))))....))))))))))))..)))..))).)))))..)))))))....)))))). |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....)))))....(((((........)))))..((((((((((.....)))))..(((....))).)))))..(((((........)))))..((((..(((.((((((.((....)))))..(((((....................))))).....))).(((....))).)))..))))...(((((....)))))(((.((.((......)))).)))..((((.........)))).(((((....))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....))))).(((((.((.......(((.[[[[[.)))(((((.....))))).((((....))))]]]]]..(((((........)))))..(((((.(((..(((((.((....))))))).{{{.)))))))).............}}}.)))))))..(((....))).((((........(((((....)))))(((.((.((......)))).)))...(((.....))).)))).(((((....))))).... |