|
|
|
CCGGCAAGCGGGGAGGAGCGGGCCCAACCGCAACCGCCAGCGAGGCCGAACCCCCGAGGAGGCGAAGGCCGCCAAGAAGGGGGACGGGGCCGCGCAACGGGACCCCGGAACCGCAGGCCGGAAGGAAGCAGCAAAAGCGGGCCCGGGCCGCAGGAGGCCGAACCGAGCAACGCAAGAACGCAGGACGAACGACAGAAGGGCACGG |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(....((.(((.........)))..(.((........))..))).......((..(....(...(.............((..(..(((((((...((((..((((.....(....((....))......).....))))))))...))).))...)))..))......)....)....)................)).)....
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((......((((......))))..))))..(((..((((..(((((..((.(((....))).)).....)))))...(((((.(((..(((....))).....((...((....))..)).......)))))))).((((......))))....)).))..)))..........................)).))) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((.......(((((((....((..(((...((..((((...(((((.....((((.....)))).....)))))....))))..))..)))..((((((.........))))..))..)).((....)))))))))..)))).....))))..(((.((..........((.........))........)).))) |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((...((.((((......))))..))(...(((.((((...(((((.....((((.....)))).....)))))....)))).)))..)............))))..)))))........................((((......)))).............................................. |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((......((((......))))........(((.((((...(((((.....((((.....)))).....)))))....)))).)))...............))))..)))))........................((((......)))).............................................. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((......((((......))))..))))..((..((((...(((((..((.(((....))).)).....))))).(((((((........)).)))))........((((((.........((....))....)))).))......)))).......))...............................)).))) |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((.((.((((......))))..)).)).(((.(((((..(((((.....((((.....)))).....))))).)..)))).)))..(((....)))...))))..))))).........((....))((())()((((......))))...........).................................. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[......[[[[)))...]]]]..]]]]..(((.((((...(((((.....(((....)))........)))))....)))).)))..(((....[[[[..)))....]]]]...............(((.[[[[.((((......))))...........)))........................]]]].... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((.((.((((......))))..)).)).(((.((((...(((((..((.(((....))).)).....)))))....)))).)))..(((....)))...))))..)))))................((.((((.((((......))))...((..((...........)).)).............)))).)). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((......((((......))))........(((.((((...(((((..((.(((....))).)).....)))))....)))).)))...............))))..)))))................((.((((.((((......))))...((..((...........)).)).............)))).)). |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((.((.((((......))))..)).)).(((.((((...(((((..((.(((....))).)).....)))))....)))).)))..(((....)))...))))..)))))................((.((((.((((......))))...((..((...........)).)).............)))).)). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((.......[[[[[[[...(((...(((..))).((((...(((((.....((((.....)))).....)))))....)))))))...((((..))))...))))..))))).................]]]]]]]((((......))))...(((.....................................))) |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((.((.((((......))))..)).)).(((.((((...(((((..((.(((....))).)).....)))))....)))).)))..(((....)))...))))..)))))................((.((((.((((......))))...((..((...........)).)).............)))).)). |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((......((((......))))........(((.((((...(((((.....(((....)))........)))))....)))).)))..(((....)))...))))..)))))...................((((.((((......))))......................................)))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((......((((......))))..)))).......))))..(((((.....((((.....)))).....))))).((((.((((...........((((.........))))...............)))).))))((((......)))).............................................. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((.((.((((......))))..)).)).(((.((((...(((((..((.(((....))).)).....)))))....)))).)))..(((....)))...))))..)))))................((.((((.((((......))))...((..((..(....)...)).)).............)))).)). |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....(((((....((((......))))..(((...(((.((((...(((((..((.(((....))).)).....)))))....)))).)))..)))..))))).....((...((....))..))........)).((((.((((......))))...((..((...........)).)).............)))).... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((.((.((((......))))..)).)).(((.((((...(((((..((.(((....))).)).....)))))....)))).)))..(((....)))...))))..)))))................((.((((.((((......))))...((..((..(....)...)).)).............)))).)). |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....))..((((((((...(((...(.((...(((((((..((((((((..(((((...)))))..))))))))((((((.(..........)))))))......)))))))..)))....)).)....))))))))(((......)))((.((((................))))))..((..))..)))).))) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((.((.((((......))))..)).)).(((.((((...(((((..((.(((....))).)).....)))))....)))).)))..(((....)))...))))..)))))...................((((.((((......))))...((..((..(....)...)).)).............)))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((.((.((((......))))..)).)).(((.((((...(((((..((.(((....))).)).....)))))....)))).)))..(((....)))...))))..)))))................((.((((.((((......))))...((..((...........)).)).............)))).)). |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((......((((......))))..)))).......)))...(((((.....((((.....)))).....))))).(((((((........)).)))))........((((....................))))..((((......)))).............................................. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((......((((......))))..)))).......))))..(((((.....((((..[[[)))).....))))).(((((((........)).)))))...((((..]]].................)))).....((((......)))).............................................. |