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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00024



RNA: SRP_00024
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((...........)))).......)...................................................................................((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))).............................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((...........)))))).(((((...............))))).......((((((...(((..((((((.....((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))))...))))))))((((((((......))))..))))..))))))...)))...)))))).))))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................((((((................................................))))))..............................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......(((.....((((..................)))).....)))........(.((((((((.((.....((((((.....(((((((.....)))))))(.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..).......)))))).....)).))))).))))..............))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....((((.(.(...).).))))...(((((...............))))).......((((((...(((..((((((.((((..(((......(((.((((((.....((((((((((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))))))))..)))))).)))...)))...)))).))))).)..)))...)))))).))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((....(.(((..((.((((.((..........))...)))).))..))).).....((.((((((((.((((.(.((((((..((((((((((.....))))))))((...(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..))..))..)))))).))).)).))))).))))).............))))))))
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..................................................)......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...(((((......[[[[[[[))))).....]]]..]]]]...................((((((...(((.(((((((.(((((((((((....)))))))(((.....(((((((((((((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....))))))...)))))))))........)))..........)))).)))))))..)))...)))))).))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((.((.(((..((.(((((((..........)))..)))).))..)))..)).))....((((((...(((.(((((((.((((.....(((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..)))))).))))...))))))))).)))))))..)))...)))))).))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......(((.....(((((((..........)))..)))).....)))..........(([[((((..{{....((((((.<<<((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..........)))))).....>>>))))...))...}}......]]..))))))))
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((...........................................................((((((...(((((((((((.((((((((.(..(((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))))).))))))))))).)))).))))))).))))...)))))).))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((...........)))))).((((((..(((.((((.(((((.(((.(((..((((...))))..))).))).)).))).(((((.....)))))...)))).)))))))))((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))....(((..(((((((((((......))))..)))))))..))).(((((...)))))..))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((.[[[[[[....)))))).(((((...............))))).......((((((.......(((((((.....((((((((..))))))))..........(((((((((((((..((((((........(((((..)))))..............((((..))))....))))))....)))))))...))))))((((((.]]]]]].........)))))))))))))........)))))).))))))))
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................(((((........(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..))))).................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................(((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))............................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................(((((.(((((..(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)))...).))..)).))))).........................................................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................(((((.(((((..(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)))...).))..)).))))).........................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................(((((.(...(..(((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)))...)......).))))).........................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((.(((..((.(((((((..........)))..)))).))..)))..)).......((((((...(((.(((((((.((((.....(((((((((..(((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..)))))..))))...))))))))).)))))))..)))...)))))).))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((...........)))))).((((((..(((.((((((((((.(((.(((..((((...))))..))).))).)).))))((((((...))))))...)))).)))))))))((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))....(((..(((((((((((......))))..)))))))..))).(((((...)))))..))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((...........)))))).(((((...............))))).......((((((.......(((((((.((((.....(((((((((.((((((.....(((((((((...((((.((((((..((((.....((((..................))))...))))....)))))))))).........)))))))))..)))))).))))...))))))))).)))))))........)))))).))))))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................((((....(((....)))....))))...............................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((.(((..((.(((((((..........)))..)))).))..)))..)).......((((((...(((.(((((((.(((((.(((.....((((..(((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..)))))..))))..))).).)))).)))))))..)))...)))))).))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.....((((..((((.((((.((((....)))).))))....))))...))))...)).(((....((((((...(((.(((((((.((((.....(((((((((..(((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..)))))..))))...))))))))).)))))))..)))...))))))..)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((.((.(((..((.(((((((..........)))..)))).))..)))..)).))....((((((...(((.(((((((.(((((((((((....)))))))(((((.(.(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))...).)).)))..........)))).)))))))..)))...)))))).))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((..(((.(((.(.((...)).)))).))((((((...............))))))......(((((((........((((((..((((.(((((........)))))))))((((((((((((((((((((((((..(((.....(((((((((((((..)))))))))))).)..)))....)))))).))).)))))...))))))))))(......).))))))(((.((((..)..))).)))...).)))))).))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((.(...((((.((..........))...)))).............)...))))(.((...(((.....(..(.........(.(((...(.(.(...(((...((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))..))).).)..).))))......)..).........)))...)).)...........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((.....(((((....((((.((..........))...)))).................)))))..(...(((..(.((((.((((.....(.(((...(.(..(((......((((((((((((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....))))))...))))))))...)))..)..).)))).....)))).))))..)..)))...)......)))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((.(((..((.((((..................)))).))..)))..)).......((((((...(((.(((((((.((((..........((((..(((((.....((((((((((((((.((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))..)))))...)))))))))..)))))..))))........)))).)))))))..)))...)))))).))))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((...((((((...........)))))).(((((...............))))).......((((((...(((.(((((((.((((..........((((.((((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..)))))).))))........)))).)))))))..)))...)))))).))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((.(((..((.(((((((..........)))..)))).))..)))..)).......((((((...(((.(((((((..(((.....(((((((((..(((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..)))))..))))...))))))))..)))))))..)))...)))))).))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.....))))..((((.((((....)))).))))......((((..........))))...((((.((((.((((.((((....))))..(((((.....))))).((((((.(((.....)))....)))))).)))).......((((......)))).)))).((((......(((......)))...((((....))))..)))).((((((.(((......)))...))))))...)))).((((.......)))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((...(((((([[[[.......)))))).]]]].((((.((((..........))))....(((.....)))..(((......))).(((((((.....))))))).))))......((((..(((.....))).)))).....((((((..((((((.........{{{{{....))))))...<<<<.....(((((....)))))..}}.}}}<<<)))...>>>.>>>>...((((.....))))......))).))))))).