|
|
|
UCUACCGUGCUAGACGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUAACCUGCAAUCCGCAAUAGCCCAGGUGUGAAUUCCUAUCCUAGGUUUUCUUAUGUGAGGCUGCCGUUGAUGGCGGCGGUGUUGAGGAGCGGGUCCUGUGCAACGCGAACCCAUGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAUAAGUGGAUCAUCGCGUGUGCCGCAGGGUAGCCUGCUCUGAGCUGCUACCAUAAGUAACGCUCGGAUAAGGAUUAUCGAAGAUAGGUGCACGGUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((((((((.(.((((((.(.(...).).))))....(..(..............)..))).).....((((((...(((..((((((.((((..(((..((.((((.((((((.....(((((((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))))))))..)))))).)))))))))...)))).))))).)..)))...)))))).))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((..((((..(((((((((.((((....)))).)))).)..))))...))))...)))(((....((((((...(((.(((((((.(((((.(((.....((((..(((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..)))))..))))..))).).)))).)))))))..)))...))))))..))).).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((...........)))).......)...................................................................................((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))............................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((...........)))))).(((((...............))))).......((((((...(((..((((((.....((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))))...))))))))((((((((......))))..))))..))))))...)))...)))))).)))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................................((((((................................................)))))).............................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......(((.....((((..................)))).....)))........(.((((((((.((.....((((((.....(((((((.....)))))))(.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..).......)))))).....)).))))).))))..............)))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((.(.(...).).))))...(((((...............))))).......((((((...(((..((((((.((((..(((......(((.((((((.....((((((((((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))))))))..)))))).)))...)))...)))).))))).)..)))...)))))).)))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((....(.(((..((.((((.((..........))...)))).))..))).).....((.((((((((.((((.(.((((((..((((((((((.....))))))))((...(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..))..))..)))))).))).)).))))).))))).............)))))))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..................................................)...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...(((((......[[[[[[[))))).....]]]..]]]]...................((((((...(((.(((((((.(((((((((((....)))))))(((.....(((((((((((((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....))))))...)))))))))........)))..........)))).)))))))..)))...)))))).)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.((.(((..((.(((((((..........)))..)))).))..)))..)).))....((((((...(((.(((((((.((((.....(((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..)))))).))))...))))))))).)))))))..)))...)))))).)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......(((.....(((((((..........)))..)))).....)))..........(([[((((..{{....((((((.<<<((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..........)))))).....>>>))))...))...}}......]]..)))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((...........................................................((((((...(((((((.(((((((((.((.(((..(((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))))).))))))))).).)))))))).))).))))...)))))).)))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((...........................................................((((((...(((((((((((.((((((((.(..(((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))))).))))))))))).)))).))))))).))))...)))))).)))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((...........)))))).((((((..(((.((((.(((((.(((.(((..((((...))))..))).))).)).))).(((((.....)))))...)))).)))))))))((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))....(((..(((((((((((......))))..)))))))..))).(((((...)))))..)))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.[[[[[[....)))))).(((((...............))))).......((((((.......(((((((.....((((((((..))))))))..........(((((((((((((..((((((........(((((..)))))..............((((..))))....))))))....)))))))...))))))((((((.]]]]]].........)))))))))))))........)))))).)))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................(((((........(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..)))))................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................(((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))............................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................(((((.(((((..(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)))...).))..)).)))))......................................................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................(((((.(((((..(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)))...).))..)).)))))......................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................(((((.(...(..(((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)))...)......).)))))......................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((.(((..((.(((((((..........)))..)))).))..)))..)).......((((((...(((.(((((((.((((.....(((((((((..(((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..)))))..))))...))))))))).)))))))..)))...)))))).)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((...........)))))).((((((..(((.((((((((((.(((.(((..((((...))))..))).))).)).))))((((((...))))))...)))).)))))))))((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))....(((..(((((((((((......))))..)))))))..))).(((((...)))))..)))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((...........)))))).(((((...............))))).......((((((.......(((((((.((((.....(((((((((.((((((.....(((((((((...((((.((((((..((((.....((((..................))))...))))....)))))))))).........)))))))))..)))))).))))...))))))))).)))))))........)))))).)))))))) |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................................((((....(((....)))....))))............................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((.(((..((.(((((((..........)))..)))).))..)))..)).......((((((...(((.(((((((.(((((.(((.....((((..(((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..)))))..))))..))).).)))).)))))))..)))...)))))).)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....((((..((((.((((.((((....)))).))))....))))...))))...)).(((....((((((...(((.(((((((.((((.....(((((((((..(((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..)))))..))))...))))))))).)))))))..)))...))))))..))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.((.(((..((.(((((((..........)))..)))).))..)))..)).))....((((((...(((.(((((((.(((((((((((....)))))))(((((.(.(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))...).)).)))..........)))).)))))))..)))...)))))).)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..(((.(((.(.((...)).)))).))((((((...............))))))......(((((((........((((((..((((.(((((........)))))))))((((((((((((((((((((((((..(((.....(((((((((((((..)))))))))))).)..)))....)))))).))).)))))...))))))))))(......).))))))(((.((((..)..))).)))...).)))))).)))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((.(...((((.((..........))...)))).............)...))))(.((...(((.....(..(.........(.(((...(.(.(...(((...((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))..))).).)..).))))......)..).........)))...)).)........... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....(((((....((((.((..........))...)))).................)))))..(...(((..(.((((.((((.....(.(((...(.(..(((......((((((((((((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....))))))...))))))))...)))..)..).)))).....)))).))))..)..)))...)......)))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((.(((..((.((((..................)))).))..)))..)).......((((((...(((.(((((((.((((..........((((..(((((.....((((((((((((((.((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))..)))))...)))))))))..)))))..))))........)))).)))))))..)))...)))))).)))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...((((((...........)))))).(((((...............))))).......((((((...(((.(((((((.((((..........((((.((((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..)))))).))))........)))).)))))))..)))...)))))).))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((.(((..((.(((((((..........)))..)))).))..)))..)).......((((((...(((.(((((((..(((.....(((((((((..(((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..)))))..))))...))))))))..)))))))..)))...)))))).)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....))))..((((.((((....)))).))))......((((..........))))...((((.((((.((((.((((....))))..(((((.....))))).((((((.(((.....)))....)))))).)))).......((((......)))).)))).((((......(((......)))...((((....))))..)))).((((((.(((......)))...))))))...)))).((((.......))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...(((((([[[[.......)))))).]]]].((((.((((..........))))....(((.....)))..(((......))).(((((((.....))))))).))))......((((..(((.....))).)))).....((((((..((((((.........{{{{{....))))))...<<<<.....(((((....)))))..}}.}}}<<<)))...>>>.>>>>...((((.....))))......))).))))))). |