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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00026



RNA: SRP_00026
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((((.............................)))))........................................................................(((.(((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))).)))))....)))............................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((............)))))).(((((...........))))).........(((((((..((((((((((....((((....((....(((((((((((...(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).))).))))))...)))))))..)))..))))))))))....))))..))))))))))...))))))).))))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((((...........))))).....................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................((((..(((((((((.......((((((.............((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..........))))))......))))))))).))))....................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((((((........(((....))).........)))))).))))............(((((((.((((((((.((((((((......((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))).)))))))))).....))))))))))))))))..)))))))...))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))........................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((..(((.((((.(.(...).).))))...(((((...........)))))))).....((.(((((.(((((((..((((((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((((((.((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))))...))))))...))))))))...))).))))))))))))...)))))))).)))))))..))))))).))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((((((.(((.(.((((....))))))))....)))))).))))............(((((((.((((((((.((((((((((..(.((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))))))))))))))..)))))))...))))))
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((((.................))))).....................(...(((..(((.((((((((.(....((((((..((((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...))).))).))))))....))))))))))))..)))....).............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((....[[[[....)))))).(((((...........)))))]]]].....(((((((.(((((((((((....((((....((((((((..((((......((((((((((((((..(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))))....))))))...))))))))...))))..))))))))....))))..)))))))))))..))))))).))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((............)))))).(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((...((.((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))...)))))))))))..))))))).))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((..........................................................(((((((.((((((((.((((((((((....((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))..)).))))))))))))))))..))))))).))))))))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.........................................................((.(((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))....))))).))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.........................................................(((.((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.(((..((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).)).))))))...))))))))))))))).))))))))))))).))))))))))))))))....))))).))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((..((((((.......(((((((...)))).)))..)))))).((((...)))).....(((((((.(((((((((((.(((((((.((.((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((.....[[[[...)))))).(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((..((((((..))))))..((((((((......((((((((((((((..(((((....((((...))))....(((((..................)))))...)))))....))))))...)))))))).......)))))))).....]]]]...)))))))))))..))))))).))))))))
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((............)))))..(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))))))))))))))))..))))))).........
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))..........................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((...((.((.((.((((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).))).)))))...))))))))...))))..)))))))))))).))...)))))))))))..))))))).))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((..((((((.......(((((((...)))).)))..)))))).((((...)))).....(((((((.(((((((((((.(((((((.((.((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((............)))))).(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((..(((((....)))))..((((((((......((((((((...((((.(((((....((((...))))....(((((..................)))))...))))))))).........)))))))).......))))))))............)))))))))))..))))))).))))))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................((((((((..........................................(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))))...........................................))))))))..........................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((((.................)))))....................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((.((...(((.(.(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))).)))..)))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((((((((((.......(((((((...)))).)))..)))))).))))).)))..)).(((((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))))))))))))))))..))))))).....))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((...((.((.((.(((((((.(((...(((.(.(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).))).)))))...))))))))).)))..)))))))))))))).))...)))))))))))..))))))).))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((.(.((...)).))))))).(..).....((((..))))(((((..)).)))((((((((((((((.((.((((((..(..(((((((.((((((..(...(((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((((..)))))))))))).)..)))))...)))).))).))))))...))))))))..)))).))))))))))..)).))))))).))))))))).))))))))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.....(((.(.(.((((((.((.........))...))))).......)..)...))))(.(((..((((.(....(((((((......((((((((...(((......(((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))).)))))...))))))))...)))...)))))))).....))))).))...)))))...))))...).......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...((((.((...........)))))).(((((...........)))))........(((.(((..((((((....(((((((....(.(.((((((...(((......(((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))).)))))...))))))))...)))...)))))).)...).)))))).)..))))))...)))))).)))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((.(((((((.((.((((((((.((...(((.(.(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))).)))..)))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((...((((((............)))))).(((((...........)))))........((((.(((.((((((((.((((((((...((.((((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..))))))))))...))))))))))))))))..))))))).))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((..(((.((..(((((((...)))).)))...)).)))..))............(((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.....))))....(((.((((....)))).(((((...........)))))((((..((((((((.(((((.((.((((....))))))))))).........((((..((......))...)))).((((...........)))).........)))))))).)))).....((((......))))..))).((((....))))..(((...........((((.....))))...(((((..((....)).))))).)))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((..((((((.....[[[[[..)))))).(((((...]]]]]...))))).((((..{{{{{{{.....((((.((((....))))..(((..........)))........)))).((((.......))))...(((.....)))))))....}}}}}}}...))))....((((......))))..((((((((....))))...(((((................)))))...(((((..((....)).))))).)))).