|
|
|
UUUGCCGUGCUAAGCGGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACUCGCAAUCCGCUCUAGCGAGGCUGAAUUCCUUUCUGAGGCUGGUAUCCUGUAGGGUCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUCCGGGUCCUGCGCAAUGGGAAUCCAUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGUGGACACCCCCAUGUGCCGCAGGGUUACCUGGACUGAGCUAACUACUUAAGUAACGCUUAUGGGUGCCAGUCGACAGAAGGUGCACGGUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((((((((..(((.((((.(.(...).).))))...(((((...........)))))))).....(((((....((((((...((((((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((((((.((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))))...))))))...))))))))...))).))))))))))))...))))))))..))))))....))))).))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((((.......(((((((...)))).)))..)))))).))))).))).......(((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((.((...(((.(.(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))).)))..)))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).....)).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.............................)))))........................................................................(((.(((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))).)))))....)))............................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((............)))))).(((((...........))))).........(((((((..((((((((((....((((....((....(((((((((((...(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).))).))))))...)))))))..)))..))))))))))....))))..))))))))))...))))))).)))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((...........)))))..................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................((((..(((((((((.......((((((.............((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..........))))))......))))))))).)))).................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((........(((....))).........)))))).))))............(((((((.((((((((.((((((((......((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))).)))))))))).....))))))))))))))))..)))))))...)))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..(((.((((.(.(...).).))))...(((((...........)))))))).....((.(((((.(((((((..((((((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((((((.((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))))...))))))...))))))))...))).))))))))))))...)))))))).)))))))..))))))).)))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((.(((.(.((((....))))))))....)))))).))))............(((((((.((((((((.((((((((((..(.((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))))))))))))))..)))))))...)))))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((((.................))))).....................(...(((..(((.((((((((.(....((((((..((((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...))).))).))))))....))))))))))))..)))....)............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((....[[[[....)))))).(((((...........)))))]]]].....(((((((.(((((((((((....((((....((((((((..((((......((((((((((((((..(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))))....))))))...))))))))...))))..))))))))....))))..)))))))))))..))))))).)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((............)))))).(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((...((.((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))...)))))))))))..))))))).)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..........................................................(((((((.((((((((.((((((((((....((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))..)).))))))))))))))))..))))))).)))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.........................................................((.(((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))....))))).)))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.........................................................(((.((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.(((..((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).)).))))))...))))))))))))))).))))))))))))).))))))))))))))))....))))).)))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((.......(((((((...)))).)))..)))))).((((...)))).....(((((((.(((((((((((.(((((((.((.((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).)))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.....[[[[...)))))).(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((..((((((..))))))..((((((((......((((((((((((((..(((((....((((...))))....(((((..................)))))...)))))....))))))...)))))))).......)))))))).....]]]]...)))))))))))..))))))).)))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((............)))))..(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))))))))))))))))..)))))))......... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))).......................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((...((.((.((.((((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).))).)))))...))))))))...))))..)))))))))))).))...)))))))))))..))))))).)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((.......(((((((...)))).)))..)))))).((((...)))).....(((((((.(((((((((((.(((((((.((.((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).)))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((............)))))).(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((..(((((....)))))..((((((((......((((((((...((((.(((((....((((...))))....(((((..................)))))...))))))))).........)))))))).......))))))))............)))))))))))..))))))).)))))))) |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................((((((((..........................................(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))))...........................................)))))))).......................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((((.................)))))....................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((.((...(((.(.(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))).)))..)))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((((((((((.......(((((((...)))).)))..)))))).))))).)))..)).(((((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))))))))))))))))..))))))).....)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((...((.((.((.(((((((.(((...(((.(.(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).))).)))))...))))))))).)))..)))))))))))))).))...)))))))))))..))))))).)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((.(.((...)).))))))).(..).....((((..))))(((((..)).)))((((((((((((((.((.((((((..(..(((((((.((((((..(...(((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((((..)))))))))))).)..)))))...)))).))).))))))...))))))))..)))).))))))))))..)).))))))).))))))))).))))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.....(((.(.(.((((((.((.........))...))))).......)..)...))))(.(((..((((.(....(((((((......((((((((...(((......(((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))).)))))...))))))))...)))...)))))))).....))))).))...)))))...))))...)....... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((.((...........)))))).(((((...........)))))........(((.(((..((((((....(((((((....(.(.((((((...(((......(((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))).)))))...))))))))...)))...)))))).)...).)))))).)..))))))...)))))).)))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((.(((((((.((.((((((((.((...(((.(.(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))).)))..)))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).)))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...((((((............)))))).(((((...........)))))........((((.(((.((((((((.((((((((...((.((((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..))))))))))...))))))))))))))))..))))))).))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((..(((.((..(((((((...)))).)))...)).)))..))............(((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))))))))))))))))..))))))).)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....))))....(((.((((....)))).(((((...........)))))((((..((((((((.(((((.((.((((....))))))))))).........((((..((......))...)))).((((...........)))).........)))))))).)))).....((((......))))..))).((((....))))..(((...........((((.....))))...(((((..((....)).))))).))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((((.....[[[[[..)))))).(((((...]]]]]...))))).((((..{{{{{{{.....((((.((((....))))..(((..........)))........)))).((((.......))))...(((.....)))))))....}}}}}}}...))))....((((......))))..((((((((....))))...(((((................)))))...(((((..((....)).))))).)))). |