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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00027



RNA: SRP_00027
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................(((((...((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).....))))).....................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((......((((((((((..........)))..)))))))......))).....((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))))...))))))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................(((((...........))))).......................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................(((((((((((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......)))))...))))))))..........................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................((((...........))))...........................((..((((......(((((((....(((......((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...)))....))))))).....))))..))............................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((............................(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....)........((((.......))))..(((((((((((((((((..((((..(..((((....(((....)))....)))))..))))....)))))).)).)))))))))((((((((.(......).))))))))....)))).))))))).))))...)))))).))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.....((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((...((...((((....((.((((((......((((((((((((((((.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))...))))))...))))))))...))).)))))...))))...))...))))))).))))...)))))).))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((((((...........))))))).(((((.(.......).)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....)..((....((((.......))))))(((((((((((((((((..((((..(..((((....(((....)))....)))))..))))....)))))).)).)))))))))((((((((.(......).))))))))....)))).))))))).))))...)))))).))))))...
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.....((((...........))))....(((((...........))))).........((......(((..((.((((.((((....(.((((((...(((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...)))).)..)))))))....)))).)))).))..)))......))..)))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.....((((.....[[[[[[))))..]]].]]]....(((....)))..........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((..((((((..((((.....((((....(((....))).))))......))))....))))))....))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..((((((......((((((......))).)))..)))))).((((...))))....((((((...((((.(((((((.((((((.((((.(.((((..((((.(((..((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))))))))..)))).))))))).)))).))))))).))))...)))))).))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((((((...........))))))).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.((((..................................((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...((((((((..........))))))))....)))).))))))).))))...)))))).))))))...
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))).))))))...)))))).))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))).)))))))...)))))).))))))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((((...((((....))))...))))).((.....((....))...))......((((((...((((.(((((((.((((((..((.((.(((.............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........))).)))).)).)))).))))))).))))...)))))).))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((((((...[[[[[[..))))))).(((((...]]]]]]..)))))........((((((........(((((((.((((((..)))))).......((((((........(((((((((...........((((...(((...)))..(((((((..................))))))))))).)))))))))((((((((..........))))))))))))))...)))))))........)))))).))))))...
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................((((((...(((..(((((((.((((....(((..........(((.............(((((((..(((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))))....))))))).............))).........)))....)))).)))))))..)))...))))))..........
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........................................................
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PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................(((((((.((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))....)))))))..........................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).))).)))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((((((.((((....)))))).))))).......(((....)))..........((((((...((((.(((((((.((((((.((.....((((.(((((.(((..((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))))))))).)))))....)))).)))).))))))).))))...)))))).))))))...
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((((((...........))))))).(((((...........)))))........((((((........(((((((.((((...((((.....((((((.......))))))(((((((((..((((((..((((.....((((...............))))......))))....))))))....))))))))).........((((.....)))).))))...)))).)))))))........)))))).))))))...
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))..........................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((...........)))).....................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((...(((((((((((((...((((....))))..)))....)))))).))))))).(((....((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...))))))....)))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((.((((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).))).)))))...)))..))).((((.....)))).).)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((...................((((.....(((((...........)))))(((..)))(((((.....((.(((((((((((((.(....(((((((.(((......)))))))))).(((((((((((((((.((((.(...((((((((((((..))))))))))))..)))))...))))))).)).))))))(.((((((((..((...).)..))))))).))))))))))))))))))..)))))).)))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((.(.((((((.((..........))...))))).......)..)...))).((.....((((...(..(((((((......(((.((((...(((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...)))...)))).))).....))))...))).).))))...)..)......).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((.....(((((.....((...........(((((...........)))).).))..)))))(((...((((.(..((((.((((...((.(((.((((..(...(((...((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))..)))..).)))).)))))...)))).))))..).))))..))).....)).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........................................................((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..((((((......((((((......))).)))..))))))...((...))......((((((...((((.(((((((.((((...((.(((.((((..((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))).)))))...)))).))))))).))))...)))))).))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...)))))))..)))...)))))).))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.(((((...((((....))))......(((((...........)))))...(((((.........)))))..)))))..((((....)))).))).((((.......)))).((((((........))..))))....((((((...((((.....................)))).((((((.....)).))))..((((((((..........))))))))......)))))).((((............)))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.....((((..[[[[[[[..))))....(((((...]]]]]]].)))))...(((..(((.....))).)))...(((.(((((....)))))....((((.<<<<<.)))).(((((.....>>>>>..))))).......(((({{{...{{{{{{{.....)))).....(((.}}}}}}}...)))..........}}}.(((((((.....))).(((.....)))....)))).............)))))))))...