|
|
|
UUUCCGUGCUAGGUGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUCACUCGCAAUCCGCUAUAGCGAGGCUGAAUCCCUUCUAGAGGUUUUGUCACCGUAGGGUCUGCCCUAAGUAAGUGGUGUUGACGCUUGGGUUCUACGCAACGAAAACCCACGAACCCUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAGUAAGUGGCCCCUUUCGUGUGCCGUAGAGUCGCCUGGGCCGAGCUAACUGCUCAGGUAACGCCUAGGGUGGCAUGAUCGAAGGAAGGUGCACGGUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...((((((..(((((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))))).....((((((...((((.(((((((.((((...(((.((.(((.((((((......((((((((((((((((.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))...))))))...))))))))...))).)))))).)))))...)))).))))))).))))...)))))).))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((..((..(((...........)))..)).....((..((((....))).)..))....((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))..) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................(((((...((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).....)))))..................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((......((((((((((..........)))..)))))))......))).....((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))))...))))))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................(((((...........)))))....................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................(((((((((((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......)))))...)))))))).......................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((...........))))...........................((..((((......(((((((....(((......((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...)))....))))))).....))))..))............................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((............................(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....)........((((.......))))..(((((((((((((((((..((((..(..((((....(((....)))....)))))..))))....)))))).)).)))))))))((((((((.(......).))))))))....)))).))))))).))))...)))))).))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.....((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((...((...((((....((.((((((......((((((((((((((((.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))...))))))...))))))))...))).)))))...))))...))...))))))).))))...)))))).))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((((((...........))))))).(((((.(.......).)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....)..((....((((.......))))))(((((((((((((((((..((((..(..((((....(((....)))....)))))..))))....)))))).)).)))))))))((((((((.(......).))))))))....)))).))))))).))))...)))))).))))))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.....((((...........))))....(((((...........))))).........((......(((..((.((((.((((....(.((((((...(((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...)))).)..)))))))....)))).)))).))..)))......))..))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.....((((.....[[[[[[))))..]]].]]]....(((....)))..........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((..((((((..((((.....((((....(((....))).))))......))))....))))))....))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..((((((......((((((......))).)))..)))))).((((...))))....((((((...((((.(((((((.((((((.((((.(.((((..((((.(((..((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))))))))..)))).))))))).)))).))))))).))))...)))))).))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((((((...........))))))).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.((((..................................((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...((((((((..........))))))))....)))).))))))).))))...)))))).))))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))).))))))...)))))).))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))).)))))))...)))))).))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((((...((((....))))...))))).((.....((....))...))......((((((...((((.(((((((.((((((..((.((.(((.............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........))).)))).)).)))).))))))).))))...)))))).))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((((((...[[[[[[..))))))).(((((...]]]]]]..)))))........((((((........(((((((.((((((..)))))).......((((((........(((((((((...........((((...(((...)))..(((((((..................))))))))))).)))))))))((((((((..........))))))))))))))...)))))))........)))))).))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................((((((...(((..(((((((.((((....(((..........(((.............(((((((..(((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))))....))))))).............))).........)))....)))).)))))))..)))...)))))).......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................(((((((.((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))....))))))).......................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).))).)))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((((((.((((....)))))).))))).......(((....)))..........((((((...((((.(((((((.((((((.((.....((((.(((((.(((..((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))))))))).)))))....)))).)))).))))))).))))...)))))).))))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((((((...........))))))).(((((...........)))))........((((((........(((((((.((((...((((.....((((((.......))))))(((((((((..((((((..((((.....((((...............))))......))))....))))))....))))))))).........((((.....)))).))))...)))).)))))))........)))))).))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)))))))).......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((...........)))).....................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((((((((((((...((((....))))..)))....)))))).))))))).(((....((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...))))))....)))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((.((((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).))).)))))...)))..))).((((.....)))).).)))))))...))))))).))))...)))))).))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((...................((((.....(((((...........)))))(((..)))(((((.....((.(((((((((((((.(....(((((((.(((......)))))))))).(((((((((((((((.((((.(...((((((((((((..))))))))))))..)))))...))))))).)).))))))(.((((((((..((...).)..))))))).))))))))))))))))))..)))))).)))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(.((((((.((..........))...))))).......)..)...))).((.....((((...(..(((((((......(((.((((...(((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...)))...)))).))).....))))...))).).))))...)..)......)..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.....(((((.....((...........(((((...........)))).).))..)))))(((...((((.(..((((.((((...((.(((.((((..(...(((...((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))..)))..).)))).)))))...)))).))))..).))))..))).....))....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........................................................((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..((((((......((((((......))).)))..))))))...((...))......((((((...((((.(((((((.((((...((.(((.((((..((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))).)))))...)))).))))))).))))...)))))).))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...)))))))..)))...)))))).))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((...((((....))))......(((((...........)))))...(((((.........)))))..)))))..((((....)))).))).((((.......)))).((((((........))..))))....((((((...((((.....................)))).((((((.....)).))))..((((((((..........))))))))......)))))).((((............))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.....((((..[[[[[[[..))))....(((((...]]]]]]].)))))...(((..(((.....))).)))...(((.(((((....)))))....((((.<<<<<.)))).(((((.....>>>>>..))))).......(((({{{...{{{{{{{.....)))).....(((.}}}}}}}...)))..........}}}.(((((((.....))).(((.....)))....)))).............)))))))))... |