RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00030

RNA: SRP_00030
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..(((((((((..((.((.(.(.(...).).).))...((..(...........)..))))......((((((...((((((.(((((.((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...))))))...))))))))...))).))))))))))))...)))).)))))))))))...)))))))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...((((((((.(((.((((((.(((.(((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...))))))))))))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................(((.(((.......)))..)))...............(((....)))......................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.....(((..((..((((..........))))...)).(((...))).))).....((((((...((((((((.(((...((((....(((((((.(((...(((...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))))...)))))))..)))..))))))))))....))))..)))))))))))...)))))))))))))))
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................((((.................)))).................................................(((((((....(((......((((((((((((((((((((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...)))....))))))).......................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.....((((.(((.((((..........)))).))))))).......((......))(((((...((((((((.(((.((((......(((((((.((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...)))))))...))).)))))))))).....)))).)))))))))))...))))).)))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......(((.....(((((.................)))))........))).....((((((...((((((((.(((.((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...))))))...))))))))...))).))))))))))))...)))).)))))))))))...)))))).))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.....((((.(((.((((..........)))).))))))).......((......))(((((...((((((((.(((.((((((....(((((((.((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...)))))))...))).))))))))))..)).)))).)))))))))))...))))).)))))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..............((((((((.........)))..)))))..........................((((((................((((((...(((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...)))).)..))))))..............))))))...........))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((.....[[[[..)))))))..(((......)))]]]]......((((((...((((((((.(((.((((......((((((((..((((......((((((((((((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....))))))...))))))))...))))..)))))))).....)))).)))))))))))...)))))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.(((((...))))).))...((((((...((((((((.(((.((((((.(((.(((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.(((.((((..........)))).)))))).................((((((...(((((((.((((.((((......((((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))).....)))).)))))))))))...)))))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.........................................................((((((...((((((((.((((((((((.((.((((((((.(((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.(((((...))))).))...((((((...(((((((.((((.((((((.((.((((((((..((((..(...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).).))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
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Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.......(((.((((..((....)).)))))))...(.((((.....)))).)....((((((...((((((((.(((.((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))))...)))).)))))))))))...)))))).))))))))
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(((((.................))))).....................................................................(((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))).........................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................(((((((.((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))....)))))))........................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...((((((.(((((.((((((.((.((((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))).))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((...........))))))).....(((((...)))))......((((((...(((((((.((((.((((((.((.((((((((.(((((.(((..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))))))))).))))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((....(((((...((((...((((...((((....((((....(((((((......)))))))...(((((((......(((((....))))).......((((....))))....(((((.....)))))....)))))))..........))))........((((...((((......))))))))....)))).....))))...))))..)))))......((((......)))).............)))))))))
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................((((....(((....)))....))))..............................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...((((((((.(((.((((((.(((.(((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((...))))))))).((.((.(((.........((..(((......)))..))......((((((...((((((((.(((.((((((.(((.(((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))).))))).))
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((....(.((((((((.((.........))...)))))........)))...)...(.((...((((..((.(((.((((......((((((((....((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...))....)))))))).....)))).)))))..))))...)).)...))......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((......((.(.(.((((((.((.........))...))))).......)..)...))).((((...((((...(.(((.((((......((((((((....((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...))....)))))))).....)))).))))...))))...))))...)))))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...(((((((.((((.((((((.((.((((((((..((((......(((..((((((((.((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))..)))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((...((..(((.((((..((....)).))))))).....)).................((((((...(((((((.((((.((((...((.((((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..))))))))))...)))).)))))))))))...)))))).))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...((((((.((((..((((((.((.((((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..)))...))))..)))))))))))).))))..))))))))))...)))))).))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.((.....)))))).(((.((((..........))))..((((....(((((((......)))))))...((((((.(((((.(((((....))))))))))..((((....)))).(((((((.......))).)))).))))))..........))))...............((((......))))..))).((((....)))).(((.(((.....))).(((.....))).....)))...(((............)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((..(((.....)))..))).((((aaaaa.....)))).....((((..{{{))))......(((}}}..)))....(((bbb..)))....(((...BBB....))).......((((((....<<<<<((((...[[[[[...))))...<<.]]]]])...............)))))..>>....>>>>>..((((....))))...(((((.....))))).....((((......)))).((((......AA.AAA)))).

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