|
|
|
UUUGCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACUCGCAAUCCGCUCUAGCAGGCCGAAUUCCUUCUUGAGGUUAGCUCAUCUUAGGGCCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUACGCAAUGGGAAUCUGUGAACCCUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAGUAAGCAGAACCUCUCAUGUGCCAUGGGGUCGCCUGAACCGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCCUGGGGUGGCUAAUCGACAGAAGGUGCACGGUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.(.(...).).))))...((.((...........))))))......((((((...((((((.((((((((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((.(((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...).))))...))))))))...))).))))))))))))...))))))))))))))))...)))))).))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))))......((((((...(((((((.(((((((((.(.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).....)).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((((((...)))).))).....((....))......................................................................((((.(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).).))))................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((..((((....)))).(((....))).)))))).))))).((((....((((((...((((((((.(((((.((((....(((((((.((((((.(((..(((((((((((..(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))...))))...))))))))))))).))))))))))....)))))))))))))))))...))))))....)))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......................................................((((((...((((((..(((((((((......(((((((.............((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..........))))))).....))))))))).))))))...)))))).)))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((((((((((......((((....))))........)))))).)))))))(((..(.((((((...(((((((.((((((.((((.(..(((((((.((((((...(..((((((((((((.(((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)))..)).))..)))))))))..))).))))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)..))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).).))))...))))))))........................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((......(.(((((.................))))).).....))......((((((...(((((((.((((((.((((.....((((((.((((((......((((((((((((.(((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...).))))...))))))))...))).))))))))).....)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((((((((((.(.((((....))))))))....)))))).)))))))(((..(.((((((...(((((((.((((((.((((.(..(((((((.((((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)))..)).))..)))))))))))))).))))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)..)))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.............(((((.((.........))...)))))...............(((.((...((((.((.(((((((((......(((.((..((((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...)))).)).)).))).....))))))))))).))))...)).))).)))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((..[[[.(((((((...)))).)))..)))))).......]]].....((((((...(((((((.(((((((((......((((((((..((((......((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....))).))))......)))))...)))))).)))..))))...))))))))...))))..)))))))).....))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))))((....((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((..........................)))))).)))))))(((....((((((...(((((((.((((((((.((....((((((((...(((......(((((((((((..(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))....)))..))))))))...)))...))))))))....)))))))))))))))))...))))))....)))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).)))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......................................................((((((...(((((((.(((((((((.(.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))))))))..)))).)))))))))))..)))))))))))))))))...)))))).)))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).)))))))(((....((((((...(((((((.(((((((((...((.((((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....)))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((......(((((((...)))).)))..))))))...(((((((.....[[[[[[...[[[[[[[.[[[[[[[[)))))))((((((((............((((((............(((..........)))..((((((............................(((((((...)))))))..)))))).))))))....))))))))......]]]]]]]]]]]]]]]...]]]]]].)))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...................(((.(((.................))))))......((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...)))))).))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................(((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))......................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))........................................................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((.(((....((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))....)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))).........((((((.(.(((((((.(((((((((.(.((.((((((((.(((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...))))))))))))))).)))))))))))..)))))))))))))))))..)))))))......))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((........(((((...))))).....))))))...............((((((...((((((((...(((((((....))))))).....(((((((..((((((((...............(((((.....((((...............))))......)))))...(((((((...)))))))..)))))))).((((.....))))...)))))))......))))))))...)))))).)))))))) |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................((((((((...................................................................(((....)))....................................................................)))))))).......................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((...((((((...........)))))).................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))................................................)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((((.(.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))).))).((((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...)))))).....)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((.(((.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((.((....)).)))......((((((...((.....))..)).))))(..)...(((((((....((((((.(.(((((((..(..(((((((.((((((((..))((((((((((........)).(..((((....(((((((((((((..)))))))))))).).))))...).((((((...))))))...))))))))...))).))))))))))..)).)))))).)))))))...).))))))..)))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(...(..(((.(..(((((.((.........))...))))).........)...))))((..(..((((..((.((((((((......((((((((...(((......((((((((((((.(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)))..))))...))))))))...)))...)))))))).....))))))))))..))))...)).)...)....... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((.((((((((.((.........))...))))).......)))...))))(..((..(((((.(.(((((((((......((((((((..(...(((...((((((((((((.(..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....).))))...))))))))..)))..).)))))))).....)))))))))).)))))...)).)...)))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.((((((((.((....((((((((..((((......(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..)))...))))..))))))))....)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).)))))....(....((((((...(((((((.(((((((((...((.((((((((..((((......((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...))))))))...))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.((((..(.(((....((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))....))))..)))))))))))...)))))).)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....))))..((((.((((((.....))).)))...(((((.....(((...........)))(((.....)))..(((((((....)))))))..))))).((((.........(((((.....))))).((((.((.((......))))))))......))))..........(((((...........))))).))))...((((((.....))).......(((((...................)))))..))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..((((((..((((.<<<))))......>>>...))))))........((((((.(((.....)))...((((..{{{{))))..(((.}}}}.....)))......)))))).(((((aaaa.)))))...AAAA....((([[[[[......................)))..(((.((((.....)))).((((]]]]]...((((.....))))......(((.....)))......))))...))).))))))). |