|
|
|
UUUGCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACUCGCAAUCCGCUCUAGCAGGCCGAAUUCCUUCUUGAGGUUAGCUCAUCUUAGGGCCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUACGCAAUGGGAAUCUGUGAACCCUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAGUAAGCAGAACCUCUCAUGUGCCAUGGGGUCGCCUGAACCGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCCUGGGGUGGCUAAUCGACAGAAGGUGCACGGUA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.(.(...).).))))...((.((...........))))))......((((((...((((((.((((((((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((.(((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...).))))...))))))))...))).))))))))))))...))))))))))))))))...)))))).))))))))
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))))......((((((...(((((((.(((((((((.(.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).....)).) |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((((((...)))).))).....((....))......................................................................((((.(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).).))))................................................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((..((((....)))).(((....))).)))))).))))).((((....((((((...((((((((.(((((.((((....(((((((.((((((.(((..(((((((((((..(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))...))))...))))))))))))).))))))))))....)))))))))))))))))...))))))....)))). |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................ |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......................................................((((((...((((((..(((((((((......(((((((.............((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..........))))))).....))))))))).))))))...)))))).)))))).. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((((((((((......((((....))))........)))))).)))))))(((..(.((((((...(((((((.((((((.((((.(..(((((((.((((((...(..((((((((((((.(((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)))..)).))..)))))))))..))).))))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)..))).. |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).).))))...))))))))........................................................ |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((......(.(((((.................))))).).....))......((((((...(((((((.((((((.((((.....((((((.((((((......((((((((((((.(((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...).))))...))))))))...))).))))))))).....)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((((((((((.(.((((....))))))))....)))))).)))))))(((..(.((((((...(((((((.((((((.((((.(..(((((((.((((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)))..)).))..)))))))))))))).))))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)..)))). |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.............(((((.((.........))...)))))...............(((.((...((((.((.(((((((((......(((.((..((((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...)))).)).)).))).....))))))))))).))))...)).))).)))))).. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((..[[[.(((((((...)))).)))..)))))).......]]].....((((((...(((((((.(((((((((......((((((((..((((......((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....))).))))......)))))...)))))).)))..))))...))))))))...))))..)))))))).....))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))))((....((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....))... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((..........................)))))).)))))))(((....((((((...(((((((.((((((((.((....((((((((...(((......(((((((((((..(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))....)))..))))))))...)))...))))))))....)))))))))))))))))...))))))....)))). |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).)))))).. |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......................................................((((((...(((((((.(((((((((.(.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))))))))..)))).)))))))))))..)))))))))))))))))...)))))).)))))).. |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).)))))))(((....((((((...(((((((.(((((((((...((.((((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....)))). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((......(((((((...)))).)))..))))))...(((((((.....[[[[[[...[[[[[[[.[[[[[[[[)))))))((((((((............((((((............(((..........)))..((((((............................(((((((...)))))))..)))))).))))))....))))))))......]]]]]]]]]]]]]]]...]]]]]].)))))))) |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...................(((.(((.................))))))......((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...)))))).))))))). |
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................(((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))......................................................... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))........................................................ |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................ |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((.(((....((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))....)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))).........((((((.(.(((((((.(((((((((.(.((.((((((((.(((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...))))))))))))))).)))))))))))..)))))))))))))))))..)))))))......))) |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((........(((((...))))).....))))))...............((((((...((((((((...(((((((....))))))).....(((((((..((((((((...............(((((.....((((...............))))......)))))...(((((((...)))))))..)))))))).((((.....))))...)))))))......))))))))...)))))).)))))))) |
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................((((((((...................................................................(((....)))....................................................................)))))))).......................... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................ |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((...((((((...........)))))).................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))................................................)))))).. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((((.(.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))).))).((((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...)))))).....)).. |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((.(((.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((.((....)).)))......((((((...((.....))..)).))))(..)...(((((((....((((((.(.(((((((..(..(((((((.((((((((..))((((((((((........)).(..((((....(((((((((((((..)))))))))))).).))))...).((((((...))))))...))))))))...))).))))))))))..)).)))))).)))))))...).))))))..)))))). |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(...(..(((.(..(((((.((.........))...))))).........)...))))((..(..((((..((.((((((((......((((((((...(((......((((((((((((.(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)))..))))...))))))))...)))...)))))))).....))))))))))..))))...)).)...)....... |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....((((.((((((((.((.........))...))))).......)))...))))(..((..(((((.(.(((((((((......((((((((..(...(((...((((((((((((.(..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....).))))...))))))))..)))..).)))))))).....)))))))))).)))))...)).)...)))))... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.((((((((.((....((((((((..((((......(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..)))...))))..))))))))....)))))))))))))))))...)))))).)))))))) |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).)))))....(....((((((...(((((((.(((((((((...((.((((((((..((((......((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...))))))))...))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....))).. |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.((((..(.(((....((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))....))))..)))))))))))...)))))).)))))))) |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....))))..((((.((((((.....))).)))...(((((.....(((...........)))(((.....)))..(((((((....)))))))..))))).((((.........(((((.....))))).((((.((.((......))))))))......))))..........(((((...........))))).))))...((((((.....))).......(((((...................)))))..))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..((((((..((((.<<<))))......>>>...))))))........((((((.(((.....)))...((((..{{{{))))..(((.}}}}.....)))......)))))).(((((aaaa.)))))...AAAA....((([[[[[......................)))..(((.((((.....)))).((((]]]]]...((((.....))))......(((.....)))......))))...))).))))))). |