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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00031



RNA: SRP_00031
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((((((...)))).))).....((....))......................................................................((((.(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).).))))...................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((..((((....)))).(((....))).)))))).))))).((((....((((((...((((((((.(((((.((((....(((((((.((((((.(((..(((((((((((..(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))...))))...))))))))))))).))))))))))....)))))))))))))))))...))))))....)))).
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.......................................................((((((...((((((..(((((((((......(((((((.............((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..........))))))).....))))))))).))))))...)))))).))))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((((((((......((((....))))........)))))).)))))))(((..(.((((((...(((((((.((((((.((((.(..(((((((.((((((...(..((((((((((((.(((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)))..)).))..)))))))))..))).))))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)..)))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).).))))...))))))))........................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((......(.(((((.................))))).).....))......((((((...(((((((.((((((.((((.....((((((.((((((......((((((((((((.(((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...).))))...))))))))...))).))))))))).....)))))))))))))))))...)))))).))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.((((((((((((((.(.((((....))))))))....)))))).)))))))(((..(.((((((...(((((((.((((((.((((.(..(((((((.((((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)))..)).))..)))))))))))))).))))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)..)))).
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.............(((((.((.........))...)))))...............(((.((...((((.((.(((((((((......(((.((..((((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...)))).)).)).))).....))))))))))).))))...)).))).))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((..((((((..[[[.(((((((...)))).)))..)))))).......]]].....((((((...(((((((.(((((((((......((((((((..((((......((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....))).))))......)))))...)))))).)))..))))...))))))))...))))..)))))))).....))))))))))))))))...)))))).))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))))((....((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((((((((((..........................)))))).)))))))(((....((((((...(((((((.((((((((.((....((((((((...(((......(((((((((((..(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))....)))..))))))))...)))...))))))))....)))))))))))))))))...))))))....)))).
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.......................................................((((((...(((((((.(((((((((.(.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))))))))..)))).)))))))))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).)))))))(((....((((((...(((((((.(((((((((...((.((((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....)))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((..((((((......(((((((...)))).)))..))))))...(((((((.....[[[[[[...[[[[[[[.[[[[[[[[)))))))((((((((............((((((............(((..........)))..((((((............................(((((((...)))))))..)))))).))))))....))))))))......]]]]]]]]]]]]]]]...]]]]]].))))))))
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Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................(((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))).........................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))........................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((.(((....((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))....)))))))))))))))))...)))))).))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((..(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))).........((((((.(.(((((((.(((((((((.(.((.((((((((.(((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...))))))))))))))).)))))))))))..)))))))))))))))))..)))))))......)))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((..((((((........(((((...))))).....))))))...............((((((...((((((((...(((((((....))))))).....(((((((..((((((((...............(((((.....((((...............))))......)))))...(((((((...)))))))..)))))))).((((.....))))...)))))))......))))))))...)))))).))))))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................((((((((...................................................................(((....)))....................................................................))))))))..........................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((...((((((...........)))))).................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))................................................))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((((.(.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))).))).((((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...)))))).....))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((.(((.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).))))))))
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RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((.....((((.((((((((.((.........))...))))).......)))...))))(..((..(((((.(.(((((((((......((((((((..(...(((...((((((((((((.(..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....).))))...))))))))..)))..).)))))))).....)))))))))).)))))...)).)...)))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.((((((((.((....((((((((..((((......(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..)))...))))..))))))))....)))))))))))))))))...)))))).))))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).)))))....(....((((((...(((((((.(((((((((...((.((((((((..((((......((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...))))))))...))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....)))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.((((..(.(((....((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))....))))..)))))))))))...)))))).))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.....))))..((((.((((((.....))).)))...(((((.....(((...........)))(((.....)))..(((((((....)))))))..))))).((((.........(((((.....))))).((((.((.((......))))))))......))))..........(((((...........))))).))))...((((((.....))).......(((((...................)))))..)))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((..((((((..((((.<<<))))......>>>...))))))........((((((.(((.....)))...((((..{{{{))))..(((.}}}}.....)))......)))))).(((((aaaa.)))))...AAAA....((([[[[[......................)))..(((.((((.....)))).((((]]]]]...((((.....))))......(((.....)))......))))...))).))))))).