|
|
|
UUUGCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUAUACUCGCAAUCCGCUCUAGCAGGCCGAAUCCCCUCUCGAGGUUAUGUUGCUGUAAGGUCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUGCGCAACGGGACCCCGUGAACCUUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAAUAAGCGGGUCUUCUCGUGUGCCGCAGGAGUGCCUGAACCGAGCUAACUGCUUGCGUAACGCUUAUGGCUACGCAAUCGACAGAAGGUGCACGGUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((((((((...((((((.(.(...).).))))...((.((...........))))))......((.(((...((((.(((.((((((((...(((..(((((.((((((......((((((((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...))))))...))))))))...))).)))))))).)))...)))))))).))).))))...))).)).))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((((((((((((.(....))))).)))....)))))).))))))))......((.(((...((((.(((.((((((((((.(((.....(((((..((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).......))..)))))))))).)))))))).))).))))...))).)).....)).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................(((....(((....)))....)))................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))((((((((((((...((..(((((....))))).((((((((((((...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))))...)))))))..)))..))))))))).....))..))))))......))))..))....)))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((((((.(((.......)))..)))....)))))).)).....................((((.(((.(((((((((....).....(((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...))))))).......)))))))))......)))))))).))).))))..........)))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...((......(.(((((.................))))).).....))......((.(((...((((.(((.((((((((...((......(((((((((......((((((((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...))))))...)))))))).......)))))))))....)))))))))).))).))))...))).)).)))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((((((((((.((..)))))).)))....)))))).)).............(.((.(..((((.(((.(((((((((....).(((.(((((((((((...(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...))))))).).))..))))))))).)))..)))))))).))).)))))...)).)..)))))))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(.............................................................................................................((((((((((((.((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))..)))))...)))))))...................................................)...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...(((((.....[[[[[.........)))))...]]]]]...(((((((......(((....))).....[[[[[....)))))))....]]]]]...(((...[[[...[[[[[[[[)))..]]]]]]]]]]]...(((....)))(((....)))(((.(((....(((((....))))).))).[[[[...............)))..]]]](((((((..(((...))))))))))............)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))(((...((((.(((.((((((((((.(((.....(((((((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))).)).....)))))))))))))).)))))))).))).))))...)))....)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))......((((.(((.((((((((...........(((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).......)))))))))......)))))))).))).))))..........)))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))).)))))))...)))))).)))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((....(.(..((((.((((....)))))))).....).).................((((((...(((((((.((((((((((..((.((((((((..((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))).).))))))))))).)))))...)))))).)))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))...(((.(((((.(((((.(((((....))))))))))))))).)))..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...))))))))..(((.....)))((((((..(((...))))))))).............)))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((....(((((.....[[[[[........[[[[....(((((...(((((((......((((..))))..............)))))))........))))).......[[[[[[[[[[[[[[..[[[[[[)))))...........(((((((..................)))))))]]]]]]....]]]]]]]...]]]]]]]]]]]...]]]]](((((((...........)))))))............)))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................(((....(((((((((......((((((((((((((..((((((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))...))))))....))))))...)))))))).......)))))))))...........)))........................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))...))))))))......................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...(((((.(((..((...)))))...))))).....((((...(((((....((((((..(((((((...(((((.(((((....)))))))))).........(((...((((((((.....))))))))))).)))))))..)))(((....))).((.(((....(((((....))))).))).)).)))..)))))....))))...(((.(((((((..((.....)))))))))....))).....)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))..((((.(((((.(((((.(((((....))))))))))))))).))))(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).)(((.....)))((((((..(((...))))))))).............)))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....(((((...(((((.................))))).............)))))..((((((((((((((((.(((((....))))))))))..(((((((..((((((((((((((..((((((.(((((..((((....))))....................)))))...))))))....)))))))...)))))))(((((.....)))))..))))))))))))))......))))........)))))))) |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................(((((.((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)).)))))......................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...(((((...((((.(....))))).))))).....((((...(((((....((((((..((((((((..(..((.(((((....)))))....))..)..)..(((...((((((((.....))))))))))).)))))))..)))(((....))).((.(((....(((((....))))).))).)).)))..)))))....))))...(((((((((((..((.....)))))))))..).))).....)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((((((((((......((((((.....))).)))..)))))).))))))))..)).(((((((...((((.(((.((((((((((.(((.....(((((..((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).......))..)))))))))).)))))))).))).))))...)).))).....)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...(((((...((((.(....))))).)))))...((((((...(((((....((((((..((((((((..(..((.(((((....)))))....))..)..)..(((...((((((((.....))))))))))).)))))))..)))(((....))).((.(((....(((((....))))).))).)).)))..)))))....))))...(((((((((((..((.....)))))))))..).)))..)).)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..(((.((....)).)))))))......(((((((((((((((((.(((((((((....((((..))))..((......)))))))))).)...))..))))).)))).))......(((((((((..(((((((.((....(((((((((((((..)))))))))))).).)))))))).).....)).)))))))((((((.(((..)))...(((((((((((((.(....))))))))))..).))).)))..))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((.(..(((((.((.........))...))))).........)...)))..(((...((((...(.((((((((......(.((((((...(((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...)))...)))))).).....)))))))).)...))))...)).)......).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....(((((.....(......(..(....((.....))....)..)...)..)))))(((...((((...(((.((((((......(.((((((...(((......((((((((((((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....))))))...))))))))...)))...)))))).).....))))))..)).).))))...)))....)))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....(((((...........................................)))))......(((...((.((..(((............(((((..((......(((..((((((((.((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))..))))))...))..))).......))..))))).......)))..)).))...)))..........)))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..((((((...(((...........)))......))))))...............((.(((...((((.(((.((((((((...(((..((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))).)))...)))))))).))).))))...))).)).))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((.((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...))))).))...((((..((.((..((((((.(((.....(((((..((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).......))..)))))))))).))))..)).))..))))..........)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....))))...(((.((((((.....))).)))...(((((...(((.(((..............)))..))).(((.(((((....)))))))).))))).((((..(((.((((((((.....))))))))......((((.((......)))))).)))..))))..(((((....)))))..))).((((....))))..((((((.....))).(((((...........))))).................))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.....))))...(((.((((((.....))).)))...(((((...(((.(((..............)))..))).(((.(((((....)))))))).))))).((((......((((((((.....))))))))......((((.((......))))))...)))).....(((((....)))))..))).((((....)))).(((.(((.....))).(((((.[[[[[.....)))))..........]]]]]...))). |