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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00037



RNA: SRP_00037
Rfam family: Bacteria_large_SRP

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................(((....(((....)))....)))................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))((((((((((((...((..(((((....))))).((((((((((((...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))))...)))))))..)))..))))))))).....))..))))))......))))..))....))))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((((((((.(((.......)))..)))....)))))).)).....................((((.(((.(((((((((....).....(((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...))))))).......)))))))))......)))))))).))).))))..........))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...((......(.(((((.................))))).).....))......((.(((...((((.(((.((((((((...((......(((((((((......((((((((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...))))))...)))))))).......)))))))))....)))))))))).))).))))...))).)).))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((((((((((((.((..)))))).)))....)))))).)).............(.((.(..((((.(((.(((((((((....).(((.(((((((((((...(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...))))))).).))..))))))))).)))..)))))))).))).)))))...)).)..))))))))
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(.............................................................................................................((((((((((((.((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))..)))))...)))))))...................................................)......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...(((((.....[[[[[.........)))))...]]]]]...(((((((......(((....))).....[[[[[....)))))))....]]]]]...(((...[[[...[[[[[[[[)))..]]]]]]]]]]]...(((....)))(((....)))(((.(((....(((((....))))).))).[[[[...............)))..]]]](((((((..(((...))))))))))............))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))(((...((((.(((.((((((((((.(((.....(((((((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))).)).....)))))))))))))).)))))))).))).))))...)))....))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))......((((.(((.((((((((...........(((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).......)))))))))......)))))))).))).))))..........))))))))
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MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((....(.(..((((.((((....)))))))).....).).................((((((...(((((((.((((((((((..((.((((((((..((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))).).))))))))))).)))))...)))))).))))))..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))...(((.(((((.(((((.(((((....))))))))))))))).)))..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...))))))))..(((.....)))((((((..(((...))))))))).............))))))))
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Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................(((....(((((((((......((((((((((((((..((((((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))...))))))....))))))...)))))))).......)))))))))...........)))...........................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...(((((.(((..((...)))))...))))).....((((...(((((....((((((..(((((((...(((((.(((((....)))))))))).........(((...((((((((.....))))))))))).)))))))..)))(((....))).((.(((....(((((....))))).))).)).)))..)))))....))))...(((.(((((((..((.....)))))))))....))).....))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))..((((.(((((.(((((.(((((....))))))))))))))).))))(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).)(((.....)))((((((..(((...))))))))).............))))))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....(((((...(((((.................))))).............)))))..((((((((((((((((.(((((....))))))))))..(((((((..((((((((((((((..((((((.(((((..((((....))))....................)))))...))))))....)))))))...)))))))(((((.....)))))..))))))))))))))......))))........))))))))
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................(((((.((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)).))))).........................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...(((((...((((.(....))))).))))).....((((...(((((....((((((..((((((((..(..((.(((((....)))))....))..)..)..(((...((((((((.....))))))))))).)))))))..)))(((....))).((.(((....(((((....))))).))).)).)))..)))))....))))...(((((((((((..((.....)))))))))..).))).....))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((((((((((......((((((.....))).)))..)))))).))))))))..)).(((((((...((((.(((.((((((((((.(((.....(((((..((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).......))..)))))))))).)))))))).))).))))...)).))).....))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((...(((((...((((.(....))))).)))))...((((((...(((((....((((((..((((((((..(..((.(((((....)))))....))..)..)..(((...((((((((.....))))))))))).)))))))..)))(((....))).((.(((....(((((....))))).))).)).)))..)))))....))))...(((((((((((..((.....)))))))))..).)))..)).))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..(((.((....)).)))))))......(((((((((((((((((.(((((((((....((((..))))..((......)))))))))).)...))..))))).)))).))......(((((((((..(((((((.((....(((((((((((((..)))))))))))).).)))))))).).....)).)))))))((((((.(((..)))...(((((((((((((.(....))))))))))..).))).)))..)))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((.(..(((((.((.........))...))))).........)...)))..(((...((((...(.((((((((......(.((((((...(((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...)))...)))))).).....)))))))).)...))))...)).)......)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((.....(((((.....(......(..(....((.....))....)..)...)..)))))(((...((((...(((.((((((......(.((((((...(((......((((((((((((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....))))))...))))))))...)))...)))))).).....))))))..)).).))))...)))....)))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.....(((((...........................................)))))......(((...((.((..(((............(((((..((......(((..((((((((.((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))..))))))...))..))).......))..))))).......)))..)).))...)))..........))))))))
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((..((((((...(((...........)))......))))))...............((.(((...((((.(((.((((((((...(((..((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))).)))...)))))))).))).))))...))).)).))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((..((.((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...))))).))...((((..((.((..((((((.(((.....(((((..((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).......))..)))))))))).))))..)).))..))))..........))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.....))))...(((.((((((.....))).)))...(((((...(((.(((..............)))..))).(((.(((((....)))))))).))))).((((..(((.((((((((.....))))))))......((((.((......)))))).)))..))))..(((((....)))))..))).((((....))))..((((((.....))).(((((...........))))).................)))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.....))))...(((.((((((.....))).)))...(((((...(((.(((..............)))..))).(((.(((((....)))))))).))))).((((......((((((((.....))))))))......((((.((......))))))...)))).....(((((....)))))..))).((((....)))).(((.(((.....))).(((((.[[[[[.....)))))..........]]]]]...))).