|
|
|
UUAUACAUCGUAACUGUAGUUAACAGUUUUGUUGAUUUAGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCUAUAACAAAAUUGUAUACAGUUACGAUGAUGUGUGUUAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(.(.(((((.(((((.((...((((((((....((((....(((....)))....)))).))))))).)...))...)))))....).)))).).).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))......) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((.....((((((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))))))..)))))))))))).))))....... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.((((((...(((((((...(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))))))))....)))))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((((.((...((((....(((....)))....)))))).))))............................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((.....((((((((((....((((....(((....)))....)))).))))))))))..))))))))))))............. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...........(((....)))........)))))))))))).)))))))))))))............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((...((((((...(((((((((.((((((((..))))).)))))))))))))))))))))))))))))))).)))))...... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...((((((.((.....(..((.((((.....((((....(((....)))....))))..)))).)).)...)).)))))).).)....))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((......((((..)))).............)))))))))))).)))))))))))))............ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...(((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...))))))))))))................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...(((((((...(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...))))))))))))................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((..(.((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))))))))))))))).))))....... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((((((...((((..................)))))))))))))))).)))))))))))))............ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((.....((((((((((...(((((((((((((..)))))))))))))))))))))))..))))))))))))).(......)... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((..(.(.(.((((.....((((....(((....)))....))))..))))....))......)...).)............. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).)))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((....((((((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))).))))))))))))).))))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((..((((......)))).(((((......))))).....((((...........)))).))))))))))).(((....)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....[[[)))).(((((.]]]..))))).((((......)))).............(((((..((((....)))).((......)).))))).. |