|
|
|
GCUGGCGGGCCCCUUCGCAUGGUUCGGCGGUGAAUCUGGUCAGGUCGGGAACGAAGCAGCCAUAGUCGUUCAGAACCAGUGCCGGAGUAAGGCUCGCCUACCGGUAUCCCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((((((..((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))).)...)))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))).............. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...))))))))....((....)). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................(((....)))......................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))...)))))................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(.(((.((((......(((((((((((....)))))))))))...))))...))).).................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...))))))))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...)))))...))))))))............. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))...)))))))).....(....).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((...((((.[[[[[[.))))...((((....))))...((((((...........)))))).]]]]]]{{{{{{{.....))))))))..}}}}}}}.... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))).))).)))))...))))))))............. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....)). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))............. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)).)))))...))))))))....((....)). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((..))))))))))))))))))))))))))))).).))))))..))))))))))).......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...(((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).))))..)))))).......)))...... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))..)))))))).............) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((((.((((.((.(((((.((((......((((....(((....)))....))))...))))...)))))..))..))))....))))))))............ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.((((......((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).)))))...))))))))....((....)). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((..((((((..[[[[..(((((..)))))...((((((...........)))))).))))))....)))))...)))))))).]]]]........ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))......................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))......................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((.....(((....))).....)))................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).))).))))...))))))))....((....)). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((((((.......((((....(((....)))....))))....))))..)))))).)).)))))...))))))))............. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((..((((((........((((....))))...((((((...........)))))).))))))....)))))...))))))))............. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))............................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((....(((....)))....))))................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....)). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))....)))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).))).))))...))))))))....((....)). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((((((((..(.....(((((((((((..)))))))))))..)..))))..)))))).)).))))).).))))))))(((..)))..... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........................(.((((...(.....(..((.(............................).).)...)......)....)....))).).).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))...))))))............)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((......((...((((....(((....)))....))))...)).....)))))).)).)))))...))))))))............. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.((((......((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))).))))...))))))))............. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.(((((((((((((.....(((...((((....(((....)))....))))...)))....)))))).)).)))))...))))))))....((....)). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....)))))..(((((..(((....(((....)))))).((((((...........)))))).))))).(((((((((..........)).))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..(((....{{{..)))(((}}}.)))..((((.....))))[[[[[[....))))...]]]]]].......(((((((((..........)).))))))).... |