RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00046

RNA: SRP_00046
Rfam family: Bacteria_small_SRP

			CCUAGGACCCGUACUAUCAAGUGUUGCUAAACCCCGUCAGGACUGGAAGGUAGCAGCGGUAAGCGAUUUUUUUGGUGAGUACGCAAGUCUUAGGUUGA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.((((.(((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))))..))))...))))))))....
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((((((((((...((..(((....)))..))))))))))............)))))).))))))...))))))))....
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................((((....(((....)))....)))).......................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))))).))))))...))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.(((((..............................)))))..)))).......................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))))).)))))...))))).......
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................(((((((((((....))))))))))).......................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....)))))).))))))...))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((.(((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))))..))))...))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((..(..((((....(((....)))....))))).))))))...)))))).))))))...))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((......((((((((............[[[[[[[[[)))))))).........]]]]]]]]].))))))...))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................((((....(((....)))....)))).......................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.((((..)))))(((((..))).))((((((((.(((...)))))))))))))))))))))))..))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((.((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))).))).))...))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................((((....(((....)))....)))).......................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................((((....(((....)))....)))).......................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((((((((((.......((((..))))....))))))))............)))))).))))))...))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................((((....(((....)))....)))).......................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((.[[[[.((((((((..((.{{{..))<<<<<<<<<))))))))((..}}}))>>>>>>>>>.))))))...))))))))]]]]
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))))).))))................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................((((....(((....)))....)))).......................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))))).))))................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................((((....(((....)))....)))).......................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((....))))(((((..((((((.......)))..)))))))))))...(((((((.......)))).)))..))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((((..(((((((.....................)))))))..............))))).))))))...))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((..................))))..))))))...))))))).)))))...))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................((((....(((....)))....)))).......................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................((((....(((....)))....)))).......................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((.((((.((((((((..(((......)..))...)))))))).((..)).(..).)))).).)))))).).))))))))(..)
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(...................(.....(...(((((....((......))....)))).....)....)...................)...)....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................((.........(...(....).....).......))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.(((((((.....................))))))).............)))))).))))))...))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))).))))))...))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((....)))...((((.....................)))).))).((((.......))))..(((.((....))))).))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((....)))...((((.....................)))).)))).(((.......)))..((((.((....))))))......

---