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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00053



RNA: SRP_00053
Rfam family: Metazoa_SRP

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((....(((((......((((....(((((((((((.((((((...((..(((((((...(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))).....)))))))))..)))))))))))))))))))))........)))))...)))))))....
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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))((.....))................(((((((....(((((......(...((..((((((((((((.((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))).))........))))))...)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((.........)))......((((((.(..(((((...((.((((....((((((((((((.((((((..((..(((((((((..((((.(((((((((((((.((((((((.((((....)))).).))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..)))).)))...)))))))).)))))))))))))))))))))).)).....)))))..))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.........))))))..(((((((....(((((...((.((((....((((((((((((.((((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((.((......))..))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))))).).)))))))))))))))))))))).)).....)))))...)))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......)))))))(.....)............))...(((((((.(..(((((......(..(((..((((((((((((.((((((..((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..))))))))...)))))))).)))))))))))))))))).))).......))))))..))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).........(((........)))...(((.......(((((((.(((((((....((((((((((((.((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....)))).))).))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.[[[...)))).......]]]..(((..[[[....)))..]]](((((((....(((((......((((....((((((((((((.(((((.......(((((((...(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))).....)))))))....)))))))))))))))))))))........)))))...)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......))))))......(((......)))..)))..(((((((....(((((((.((.((((....((((((((((((.......(((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))).))..)).)))))...)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))...................)))..(((((((....(((((..............(((((((((((..(((...(((...(((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))...)))))).)))))))))))............)))))...)))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((.........)).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((((.((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....)))).))))))))).)))......((((...(....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((....(((((((.((.((((....((((((((((((.(((((...(...(((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))).))..)).)))))...)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......))))......(((((((..............(((((....(((((((((((.......((((((((((((((...(((((..((((((((((((.(((((((((.............))))))))).))))........(((((...(((((...))))).................))))).))))))))....))))).....)))))))...))))))))))))))))))...........)))))....)))))))....
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)..))))))..(((((((....(((((...(((((((....((((((((.((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))).)))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))....
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((.(...))))).)))..(((((((....(((((((....((((....((((((((((((.(((((.......(((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))...))))))....))))))))))))))))))))).....)).)))))...)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......))))......(((((((....(((((......((((....(((((((((((.......(((((((...((((((..((((....))))..((((.(((((((((((((....)))).))))))))).)))).........)))))).(((((...))))).......((((((....((((((((.........))))..))))...))))))..))))))))))))))))))))))........)))))...)))))))....
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..((((((.(((.((.(((.....(((......)))))))).))).))))))..))).((((..(((((.((...(((((((...((.((..(((...(((((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))...)))..)).))...)))))))......)).))))).......))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((......)))).)))..(((((((.(..(((((...((.((((....(((((((((((.(((((((.((((.((...((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))))))..)).)))).).))))))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..(((((.(........)).))))...(((((.(((((((........)))).))).)))))...)))))(((((((..(((.((.......).))))..).))).)))(((((((.(((((((((((((((....)))).(((((..((..))...)))))...((((..(((.(((((((....(((..)))..((((((.((...(((((((((..))).))))..)).))..)))))))))))))))).....))))))))))))..........)))))).))))...
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((.(..(((((......((.(((..((((((((((((.(((((..((.....(((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))))...))).))...))))))))))))))))).))).)).....)))))..))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((....(((((...((..(((....((((((((((((.(((((...((..(((((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))))..))))))))))))))))))))..)).....)))))...)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......))))......(((((((....((((.....((((....)))).......((((((((....)).)))))).)))).((((....))))..((((.....)))).((((....)))).(((((.((((((((................)))).)))))))))......((((((....((((((((((....)).))))..))))...))))))........((((((.............)))))).......)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.{{{{..))))...((((((.....))))))(((.......}}}}))).((((.((((.....((((....))))<<<<<<<((((((((....)).)))))).)))).((((....)))).(((((.....)))))....(((.((((((((((.((((((((........[[[[[...)))).)))))))))..(((.((........))))).......)))))..(((((....]]]]]..)).)))...((((((.>>>>>>>.....))))))))).......))))....