|
|
|
GCCGGGCGUUGUGGCGAGCGCUUGUAAUCCAAGUGACUGGGAGGCAUGUGGUGGCGGAUGGAGUGAGAGGAGGAGUCCUGGCUGAUGCUUGGCGGUGGCGACCGAGCGUCCAGGCCAAGCGUGGCGUCGACAAGGUGUCGAGAUAGGAGUGUCAUCGGUACCUGGUCGCAUAAUGAGGGGCGUACGGCUCAGGGCCGAAAGGCAGCAGGCAAAAGUCCCCGCGUCAUGACAGUGGCCGGAUAGCGCUUGCGAGUCGUCGGUAUUAGUCAGCCUUGUCAAUACCUCCAGACCCAUCGCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((.........))))))...((((((....(((((...((.((((....(((((((((..(((...(.......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((.(((....)))..))))))))).))))((...)).(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))))).....)..))).))))))))))))).)).....)))))...)))))).....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((....(((((......((((....(((((((((((.((((((...((..(((((((...(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))).....)))))))))..)))))))))))))))))))))........)))))...))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......))))).......((.........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))).)))))))))))))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((........)))))((.....))................(((((((....(((((......(...((..((((((((((((.((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))).))........))))))...))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...(((.........)))......((((((.(..(((((...((.((((....((((((((((((.((((((..((..(((((((((..((((.(((((((((((((.((((((((.((((....)))).).))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..)))).)))...)))))))).)))))))))))))))))))))).)).....)))))..)))))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((.........))))))..(((((((....(((((...((.((((....((((((((((((.((((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((.((......))..))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))))).).)))))))))))))))))))))).)).....)))))...))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((......)))))))(.....)............))...(((((((.(..(((((......(..(((..((((((((((((.((((((..((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..))))))))...)))))))).)))))))))))))))))).))).......))))))..)))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..........)))).........(((........)))...(((.......(((((((.(((((((....((((((((((((.((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....)))).))).))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......)))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.[[[...)))).......]]]..(((..[[[....)))..]]](((((((....(((((......((((....((((((((((((.(((((.......(((((((...(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))).....)))))))....)))))))))))))))))))))........)))))...))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......))))))......(((......)))..)))..(((((((....(((((((.((.((((....((((((((((((.......(((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))).))..)).)))))...))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))))))...................)))..(((((((....(((((..............(((((((((((..(((...(((...(((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))...)))))).)))))))))))............)))))...))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))).....((.........)).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((((.((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....)))).))))))))).)))......((((...(....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((....(((((((.((.((((....((((((((((((.(((((...(...(((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))).))..)).)))))...))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((......))))......(((((((..............(((((....(((((((((((.......((((((((((((((...(((((..((((((((((((.(((((((((.............))))))))).))))........(((((...(((((...))))).................))))).))))))))....))))).....)))))))...))))))))))))))))))...........)))))....))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((..(...)..))))))..(((((((....(((((...(((((((....((((((((.((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))).)))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((..(...)..))))))..(((((((....(((((...(((((((....((((((((.((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))).)))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((.((.(((....((((((.....)))))).))).)).))..[[[[[[[))).(((((...((.((((....(((((((((((.((((((...((..(((((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))))..))))))))))))))))))))).)).....)))))...]]]]]]].... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....((((.(...))))).)))..(((((((....(((((((....((((....((((((((((((.(((((.......(((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))...))))))....))))))))))))))))))))).....)).)))))...))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((......))))......(((((((....(((((......((((....(((((((((((.......(((((((...((((((..((((....))))..((((.(((((((((((((....)))).))))))))).)))).........)))))).(((((...))))).......((((((....((((((((.........))))..))))...))))))..))))))))))))))))))))))........)))))...))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((.........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))).)))..)))))..)))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((.(..(((((.(....((.(((..((((((((((((.((((((.((((.((...((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))))..)).)))).).))))))))))))))))).))).))....))))))..)))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((((.(((.((.(((.....(((......)))))))).))).))))))..))).((((..(((((.((...(((((((...((.((..(((...(((((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))...)))..)).))...)))))))......)).))))).......)))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....((((......)))).)))..(((((((.(..(((((...((.((((....(((((((((((.(((((((.((((.((...((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))))))..)).)))).).))))))))))))))))))))).)).....)))))..)))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..(((((.(........)).))))...(((((.(((((((........)))).))).)))))...)))))(((((((..(((.((.......).))))..).))).)))(((((((.(((((((((((((((....)))).(((((..((..))...)))))...((((..(((.(((((((....(((..)))..((((((.((...(((((((((..))).))))..)).))..)))))))))))))))).....))))))))))))..........)))))).))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...........................................(....(........)....)...(............))....(.(....(((.((....(...(.(.......((.((((((..(.(...(((((..(......(..(....)..).).)))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....))))))))..........).)..)....)))))))....).).)....)...).................)))....)...)..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((.(..(((((......((.(((..((((((((((((.(((((..((.....(((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))))...))).))...))))))))))))))))).))).)).....)))))..)))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((....(((((...((..(((....((((((((((((.(((((...((..(((((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))))..))))))))))))))))))))..)).....)))))...))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((......))))......(((((((....((((.....((((....)))).......((((((((....)).)))))).)))).((((....))))..((((.....)))).((((....)))).(((((.((((((((................)))).)))))))))......((((((....((((((((((....)).))))..))))...))))))........((((((.............)))))).......))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.{{{{..))))...((((((.....))))))(((.......}}}}))).((((.((((.....((((....))))<<<<<<<((((((((....)).)))))).)))).((((....)))).(((((.....)))))....(((.((((((((((.((((((((........[[[[[...)))).)))))))))..(((.((........))))).......)))))..(((((....]]]]]..)).)))...((((((.>>>>>>>.....))))))))).......)))).... |