|
|
|
GACGUGACGGGCCUCCUCGCAUGGUGGGGCGGUCAACCUGGUCAGGUCGGGAACGAAGCAGCCACAGCCGUUUUCCGCCAGUGCCGAGGGUCGGGCUCGUCACCUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).......
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((.(..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))....).))............................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((....))).................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).)))))....))))).......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(.((((...(((((.....(((((((((((....)))))))))))..))))).....))))..)......................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))))).)... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((..((((((((((((...(((((.....)))))...............))))..))))))))....)))))...)))))))))))..... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((...((((......((((....(((....)))....))))...)))).....))))............................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).))).)))))...)))))))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))).)))...))))))).....)).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))....))))))))....... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((((..(.(((.............((((....(((....)))....))))............)))..)...))))....))))))......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((....(((([[[[....(((((..))))).[[[[[[[......))))...]]]]]]]]]]].....)))))...)))))))))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).)))))..)).............. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((....(((....)))....))))............................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....((((....(((....)))....))))..)))....................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((((((.(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).)))).................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....((((....(((....)))....))))..)))....................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((.....)(((.(.(.(((....)))..).))))....)....................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...)))))))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((........(((((...((((....)))).......(((((..........)))))))))).....))))))...))))))))))..... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....................................(((....)))........................................))))........ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))....................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((...((((......((((....(((....)))....))))...)))).....))))............................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).))).)))))...))))))))))).)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...))))))))))).)).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((((((((((..))))))))))))..))))))..)))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........................(..((((....((((....((......))....)))).............................))))..)...).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....(.(((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...))))))....)))))....))))).))....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).))).))))...)))))))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).)))))...))))))))))).)).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((....))))))..((((.(((((...((((....))))...(((((..((.......))))))).))))).....((((.......)))).)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.((((....))))))))....(((((...((((....))))...(((((.............))))).)))))....(((.[[[[))).......]]]]... |
