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GCCAGACGCGGUGGCACGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCGGGAGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGGCUGUAGUGCGCUAUGCCGAUCGGGUGUCCACACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCGGAUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCAGAAAAAGAGCAGGUCAAAACUCCCAUGCUGAUCAGUAGUGGGAUUGCGCCUGUGAAUAGCCACAGCACUCCAGCCUGGGCAACAUAGCAGGCUCUCUCUUUAAAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((....((((.......((((..((((((((...))))))))..))))))))(((((((...((((....))))....)))))))...........))))))))))))..)))))...(((...((((......))))...)))((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......))))))............. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((......))))))))...((((........))))............................................................(((((((((((.......(((((((.....(((((((((((((....))))))))))))).............(((((..................................))))).)))))))......))))....)))))))..................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......))))).......((..........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))..... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........)).................((..........)).............(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))............... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))..(.((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).(((((((.....)))))))..((....))(((((((.(.((((....))))..).)))))))...........))))))))))))..)))))...(((.((((((......)))))).)))((((((((..((......(((((((.....(((((((((....))).))))))..).)))))).....((....))..))..))))))))......)))))).)........... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((......)))).))....((((........))))))).((((.(((((....(((...(((((((....(((((.(((.(((.(((((.(....(((((((((..((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...)).(((((.....((((....((.......))...))))...))))).))))))).)..)))).))...))))))).).)))))))).))).)))))))))))).....)))...))))).)))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))..(.((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).((((((((...))))))))..(((())))(((((((.(.((((....))))..).)))))))...........))))))))))))..)))))...(((.((((((......)))))).)))((((((((..((......(((((((((...((((((((((())))).))))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......)))))).)........... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......)))).....((....(((..((((........))))..)))....)).(((((.(.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)..)))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......)))).....((....(((..((((........))))..)))....)).(((((.(.(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).))))))))))))..)..)))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......[[[)))....]]].....((((((((........))))).[[[[)))....((((..((((((((...))))))))..))))]]]](((((((...((((....))))....))))))).....(((((..((((((....))))))..)))))..(((((......((((((....(((....))).........(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).))))))............))))))[[[[[[))))).....]]]]]]............ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).(((((((.....)))))))......(((((((((((...((((....))))....)))))))......)))).))))))))))))..)))))...(((.((((((......)))))).)))((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......))))))............. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).((((((((...))))))))..........(((((((...((((....))))....)))))))...........))))))))))))..)))))...(((.(((((........))))).)))((((((((..........((((((((....(((((((((....))).)))))).)).)))))).....((....))......))))))))......))))))............. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))).....(((........))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))).)))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......))))))).....(((........))).)))..((((.((.(..((....(.(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).....((((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))).)))))))))..)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).......)))..)))))))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).(((((((.....)))))))......(((((((((((...((((....))))....)))))))......)))).))))))))))))..)))))...(((.((((((......)))))).)))((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......))))))............. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((..))).....(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).((((((((...)))))))).....[[[[.(((((((...(((((..)))))....)))))))...........))))))))))))..)))))))))).......((((((((((.......((((((((........(((...........((((((((((..))))).)))))..]]]](((((......)))))..)))..))))))))............))))))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((......)))).)))..(((.(((((........))))).)))(((((..(((((...(((((((....(((((.(((.(((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....((.......))...)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))).))).)))))))))))).....))).))..)))))....... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.......((....(((..((((.(....).))))..)))....)).........(((((((....(((((.(((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))).))))))))))))..))).................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......)))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))....((((.....(((.(...)..))))))).............(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))............... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))....((((.....((..(...)...)))))).............(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....)))))............... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.........)))....((((.....((..(...)...)))))).............(((((...(((((((....(((...(((((((..((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))).)))))))...)))))))))).....)))))............... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....((.(((((....(((((..(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).(((((((.....)))))))......(((((((((((...((((....))))....)))))))......)))).))))))))))))..)))))..((((.((((((......)))))).))))..)))))..........(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....))))).)).....[[[[[[))).......]]]]]]............ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).((((((((...))))))))......((((((((((((..((((....))))..).)))))))......)))).))))))))))))..)))))...(((.(((((([[[[[[)))))).)))((((((((..........(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).))))))...................))))))))......))))))...]]]]]].... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))..(((((((((((((.....((((....((((.((((((.....)))))).))))...))))...))))))))).)))).(((((((...((((....))))....)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))..((((((((((.......((((((((..........((((........((((((...........))))))))))..(((((......))))).......))))))))............))))))))))... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((................)))...((((........))))........................(((((((....(((((.........(((((......(((((((...(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((..................))))...))))).)))))))....))))).....)))))))...)))))........))))))))))))......................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.........))).....((....(((..((((........))))..)))....)).(((((...(((((((....(((((.(((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))).)))))))))))).....)))))............... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))..((((((((((.(((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).))))))))))).)))).(((((((...((((....))))....)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))..((((((((((((.....((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..)))))))).......))...))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....(((((((((((((((((((.(((((..((((....((((.((((((.....)))))).))))...)))).))))))))))).)))).(((((((...((((....))))....))))))).......)))..((((((....)))))).)))))).....(((....))))).((.((.((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..)))))))).........)).))........... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))..(.((((((.(((((.(((.((((((((((((((((((.....)))))).(((((((.....))))))).)))..(((((((((((...((((....))))....)))))))......)))).))))))))))))..)))))...(((.(..(((......)))..).)))((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......)))))).)........... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......)))((((..))))..(((((((((.((((((((.(((.(((((......).).)))))))))..))))))))))(......).))))(((((..((((((....))).)))..))))).((((((((((..(((((......)))))..)))))))))).((((((((((((((..((.(((((((....((...((((((((((....(((((((((..)))).))))).))).)))))))..))..............)))))))).)..)..))..))).))))))).). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.............................................((((.........))))...(...........))))...((....((...((...((.((((((.(((((...(((((((.((..(((((..((((((....))))))..)))))..)).......(.(((((......(((....(........)....)))....)))))))))))))....)))))))...))))).)........................)).......)).....).).......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.........))).(...((.(((((....)))))...))..)..((((..........(((...(((((((.....((((.(((.(((...(((...(...((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((..(((.((.....(........).)).)))....)))))))))))))....)))))))...)))))).)..)))..))).))).)))).))))))).....)))........))))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))..((((((..((.(((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).)))))))..)).))))..((((((...((((....))))....)))))).......((((..((((((....))))))..)))).........((((((..........((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))...............)))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((......)))).)))....(((((((........))))).)).(((((....(((...(((((((....(((((.(((.(((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((..................))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))).))).)))))))))))).....)))...)))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).(((((((.....)))))))......(((((((((((...((((....))))....)))))))......)))).))))))))))))..)))))...(((.(..(((......)))..).)))((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......))))))............. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((......))))...(((((....))))).(((....))).(((((.....)))))..(((((((.....))))))).(((....))).(((((...((((....))))....)))))..........((((((((((....)))).((((.((((...((((......))))...))))....))))...........))))))....(((((((((....)))).)))))......(((((......)))))......((((((..........))))))............ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......)))).((((((.(((.{{{{...)))..}}}})))..((((((.....)))))).(((((((.....))))))).(((....))).(((((...((((....))))....)))))..........((((((((((....)))).((((.((((...((((..[[[[))))...))))....))))...........))))))....(((((((((....)))).)))))..))).(((((......)))))......((((((..........))))))]]]]........ |
