CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00067



RNA: SRP_00067
Rfam family: Bacteria_small_SRP

AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))).
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).))).))))...)))))))))))))).
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...)))))..........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((.((((((.((((.......(......((((....(((....)))....))))...).......))))..).)))))...)))))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((....(({{...{{{{)).((........[[))....]].......(((}}}}...}}))).....)))))...)))))))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(.(((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).))))...))))).)........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((..(((.......)))...........(((....)))......(((((.......))))).)).)))))...)))))))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((...((((.......))))((((((..))))))...)))))....((((.............))))........)))))))))))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))...................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).))).))))...)))))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((..(((....[[[)))...........(((....)))......(((((]]]....))))).)).)))))...)))))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((...((((...........(((((....)))))......))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))).
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................(((.....(((.....(((....))).....)))..))).....................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.(((((((.(((((((((..)(((((.((..))))))).)).)))))).((((((.((..))))))))))).))))...)))))))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................((((.......(...(...((.........(.....(....)....).....))...)....)......))))......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((.((((.(((.((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))).).))..))))...)))))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((.((((((((..(((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))..).)).)))))...)))..))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((.(((((....(((.......))).(((((....)))))...)))))....((((.............))))........)))))))))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((..(((((....(((.......))).(((((....)))))...)))))....((((.......[[[[[[)))).]]].]]].))))))))))))..