|
|
|
AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))).
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).))).))))...)))))))))))))). |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..)))))).)).)))))...))))).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.((((((.((((.......(......((((....(((....)))....))))...).......))))..).)))))...)))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((....(({{...{{{{)).((........[[))....]].......(((}}}}...}}))).....)))))...)))))))))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.(((((((((((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).)))))).))).))))...))))).)........ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((..(((.......)))...........(((....)))......(((((.......))))).)).)))))...)))))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((...((((.......))))((((((..))))))...)))))....((((.............))))........)))))))))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((((((..(((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))..)))))..)))))).)).))))................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).))).))))...)))))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((..(((....[[[)))...........(((....)))......(((((]]]....))))).)).)))))...)))))))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((...((((...........(((((....)))))......))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................(((.....(((.....(((....))).....)))..)))..................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((.(((((((((..)(((((.((..))))))).)).)))))).((((((.((..))))))))))).))))...)))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................((((.......(...(...((.........(.....(....)....).....))...)....)......))))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((.(((.((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))).).))..))))...)))))))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((.((((((((..(((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))..).)).)))))...)))..))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((.(((((....(((.......))).(((((....)))))...)))))....((((.............))))........))))))))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((..(((((....(((.......))).(((((....)))))...)))))....((((.......[[[[[[)))).]]].]]].)))))))))))).. |