|
|
|
GGCUGUGAUGGCUUUUAGCGGAAGUGCGCUGUUCGUGUACCUGCUGUUUGUUAAAAUUUUAAGAGCAAAGUGUCCGGCUCGAUCCCUGCGAAUUGAAUUUUGAACGCUAGAGUAAUCAGUGUCUUCAAGUUCUGGUAAUGUAUAGCAUAACCACUGGAGGGAAGCAAUUCAGCACAGUAAUGCUAAUCGUGGUGGAGGCGAAUCCGGACGGCACUUUGUUUGUUGAUAGAUAGUGCGGUAUCUAGUGUUACAACUCUAUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((.......)))..(((.((......(..(((.(.((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(...(((((((((.(.(((((.((.(((((.((....))))))).)..)))))).)(...)...((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))))).))).....).))))...))))))))))).))))))))))))).)))))).)..))..)..))))).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((((...((((((..((((((.....))))))))))))...)))).........(((((((((((((((.(((.((((..(((...((((((.(((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))..).)))..)))..))))...)))))))))))......((((((.(..(((........)))..).)))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((.(((..(((((......))))).....((((((((((((((((((........(((((((((((((((..((..((((((((...((((((.(((((((.........))))).)).))))))..........(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).))...))...))))...))))))))))).))))))))))))).)))))..))))))))).))........ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((.((...((((((....................((((....)))).......(((.(((((((..(((((((((......(((...(((((.((....)))))))....)))............((((((((...((((....(((....)))....)))))))))))))))))).)))...)).)))))....))).............................))))))....))))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((..((((((.....)))))))))(((((((((..........(((((((((((((((.(((.(((((((((...((((..((((((((.((....)))))))..))).))))((((.((((...)))).))))((((...........))))..............)))))).)))..)))..)))))...))))))))))...))))))))).............................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((.......))).....(.((...............(((((((((((((((.(((.(((((((((.............(((...........)))............(((.(((.....))).)))..................................)))))).)))..)))..)))))...))))))))))........)).).............................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......)))..((((((..(((((.....)))))..))))))......(((((.....(((((((((((((((.(...((.((((...(.(((((.((((.((..((....))...)).))))))))).)...(((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..))).)))).))...).))))...)))))))))))((((.((((((......))))))......))))...))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......))......(((..((((((.....)))))))))(((((((((((........(((((((((((((((.(((.(((((((((...(((((.((((((((.((....)))))))..))))))))((((.((((...)))).))))(((((.........)))))((......))....)))))).)))..)))..)))))...)))))))))).)))))))))))....(((........)))............ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......))....((.((..((((((...................................((((((((.((((((((.(((((((((....((((.(((.((((.((....))))))...)))))))...........(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)))..))).)))))....)))))))).........................)))).))..))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.[[[[[[...))))........]]]]]]...((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.(((((((((...((((((...(((((.........)))))....))))))(((((((((...))))....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)))..)))..))))...))))))))))).))))))))))))).)))))..(((......)))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))..(((((......))))).....((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.(((((((((...((((((.(((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))))).)))..)))..))))...))))))))))).))))))))))))).))))).(((.((....)).)))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......))....(((((..((((((.....))))))))))).................(((((((((((((((.(((.(((((((((...((((.(((((((((.((....)))))))..)))))))).(((.((...[[[[)).))).(((....(((....)))....)))....]]]].)))))).)))..)))..)))))...))))))))))................(((........)))............ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))....((.....((.((((...............................(((((((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((((((.((....))))))))..)))))))))........((((((.(..(((((..((((....)))).).)))))))))))))))))).)))..))).))))))...)))))))))..)...................)))).))))............ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))...(((((......))))).....(((((((((((((((((.........(((((((((((((((.(((.(((((((((...(((((.((((((((.((....)))))))..)))))))).(((.((((...)))).)))........((......))..(........)....)))))).)))..)))..)))))...))))))))))..)))))))))))).)))))..((.(......).))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.....((((((((((.((((((.....))))))......))))))))))......[[[[[[[[[[[[[[[.[[[.[[[[[[[[[...((((((...(((((.........)))))....))))))..........[[[[[[.....(((((.........))))))))))..]]]]]].]]]]]].]]]..]]]..]]]]]]...]]]]]]]]]((((.((((((......))))))......))))......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).....(.((...(((((......................((......))..(((..((((.(((((((..(((((((((...((..((...(((((.((....)))))))....))..))..........((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))).)))...)).)))))....))))..)))........................)))))....)))....... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).....(.((...(((((......................((......))..(((..((((.(((((((..(((((((((...((..((...(((((.((....)))))))....))..))..........((((((....((((..(.(((....)))..).)))).)))))).)))))).)))...)).)))))....))))..)))........................)))))....)))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))....(((((...[[[[[[))))).(((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.(((((((((...(((.((((((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))))).)))..)))..))))))...))))))))).))))))))))))).))))..]]]]]]............... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((([[[[.))))..(((((......))))).....((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.(((((((((...(((((.((((((((.((....)))))))..))))))))((((.((((...)))).))))(((....(((....))){{{{)))...}}}}..)))))).)))..)))..)))))...)))))))))).))))))))))))).))))).(((..]]]]....)))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.....(((((......))))).....((((((((((((((((((........((((((((((((........(((((...........((((((((((.........)))))..)))))...((((.((((...)))).))))....)))))........((((......))))........((((......))))...)))))))))))).))))))))))))).)))))....)))))))........... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................((((....)))).......(((.(((......(((((((((......(((...(((((.((....)))))))....))).............(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).)))))).)))(......))))....)))................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((......(((((......))))).....((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.((((..(((...((((((.(((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))..).)))..)))..))))...))))))))))).))))))))))))).))))).....)))))).))........ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......((.....))....((((((.....))))))...(((((((((((........(((((((((((((((.(((.(((((((((...((((((.(((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))))).)))..)))..))))...))))))))))).))))))))))).)).(((........)))............ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((.((...(((((......)))))...))((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.((((..(((...(((.((((((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))..).)))..)))..))))))...))))))))).))))))))))))).))))).....)))))).))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(....(((((((.......)))).)))...........((......))(((((..)))))(((((((((((((((((((((((((((((.(..((((((((((((.............))))))))))))((((.((((...)))).))))(((((.........)))))((((..))))..).)))))).)))).)))).)))))...))))))))))....).(((((((((.(((........)))).)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...))))).................................................................................(.......................(.....................)............(((((.........)))))......................................................................................).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((......(((((......))))).....((((((((((((((((((........(((((((((((((((.(((.((((..(((...(((((.((((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))..).)))..)))..)))))...)))))))))).))))))))))))).))))).....))))))........... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))))..((((((..((((((.....))))))))))))................(((((((((((((((.(((.((((..(((...((((((.(((((((.((....)))))))..))))))))..........((((((....((((....(((....)))....)))).)))))).)))..).)))..)))..))))...)))))))))))...(((((((((..(........)..)))....))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))......((((.((((((.....)))))).(((.((((....)))).....((((..........))))..(((((.((((......)))).(((((.((....)))))))..........((((.............))))....))))).)))....((((......))))..((((.......)))).))))...((((((..(((....))).((((......)))).)))))).............. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..........))))....((((((.....))))))..((((..((((((....))).((((...<<<....))))..[[[[.)))......((((((..]]]))))))...((({{{{........)))...(((.....))).(((((.(((}}}}.....))).(((]>>>..))).....)))))bbb))))..BBB.(((.(((...aaa.)))...((((((..AAA.))))))..))).............. |