RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - SRP_00070

RNA: SRP_00070
Rfam family: Fungi_SRP

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....)))......((((..(((...((((.((((..(((((((.((((....))))...)))))))..(((..((..(((((.........(((((...))))))))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).)))((.((..((((((.((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((..((.....))..((.((((.((((..((((((((..((((((..(..(((((((.((....)))))))))..)..))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((.(((........))))))).)))..)))))).))))..).)))..)))).))...)))))..)))))))))).......)))))))))))).))))...))))((((......))))...))))....)))..)))).........))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...((((((...((((....(((((((.((((.(((((((.(((((..(((((.....((.....)).(((((((((((...........((((...))))((((((..((((((..((((((....))))))..))))))(((..................)))..((((((((((.....))))).)))))))).))).))).)))))))))))))))))))))))..)))))).(((((((((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))))......(((((.((((((...)))))))))))........))))....))))))).....))))..))))))..(((((((((((.......)))..((((((.......)))))).))))))))...)))))))..(((......(((((((((......))))...))))).......))).............
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((....(((((((.................................................................................................................................................(..((((....)))))...................(((.(((((((...............(((((.((((............((((...(((((.((....)))))))....))))...........................................((((((((....((((....(((......)))....))))).))))))))))).)).)))...)))))))....)))..............................................................)))))))....)))))..........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......)).............................(((((((.((((....))))...)))))))............(((..........(((((...))))).)))(..(((((((.((((((....)))))).)))))))).(..........(((((.(((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((.......(((...........((((((((((.(((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))((....))(((((.((((((...)))))))))))((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).))).........))))))))..)))))))))).......)))))))))))))......(((((((((......))))...))))).......................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..................(((.((((........(((((((.(((.......)))..)))))))...)))))))((((..........(((.((((((..(((((((...((((((.((((((....)))))).))))))(((..((........))......))).((((((.((((....)))).))))))))).))))))))))))).((((.............))))(((...((((((((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))).......((((..((((((...)))))).))))((((((....(((((....(((......)))....))))).)))))).))))....)))))))..((((((.......)))))).((.......)))))))))...((((....(((((((((......))))...)))))........))))...........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......))).....((((.......((((........(((((((.(((((())))))...)))))))...)))).....((((.........(((((...)))))))))(..(((((((.(((((((..))))))).))))))))((..........(((((.(((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((.......((((.((....((.((((((((((.(((..((((((..(..(((((((.((....)))))))))..)..))))))..)))(((())))(((((.((((((...)))))))))))((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..))))..)))))))))..)))))))))).......)))))))))))))).....(((((((((......))))...)))))........))))...........
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.......))...............((.(((...................................................................................................................................(((.(.......................................(((.((((.(((((.............(((.(((((((((.((.....((...(...(((.((((.((....))))))).))....)..)).....))..................................(((((....((((.....(((......))).....)))).)))))...)))))).)))..))))))))....)))..).))).................)))).................................)))....))..................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((........((((.((((..(((((((.((((....))))...)))))))(((((......((((((((...)))(((((...))))))))))..(((((((.((((((....)))))).)))))))...))))).....((((((.((((((((((((((((.....)))).)))))).....(((((((((((((..((((.....)))).((((.((((((((((.....((((((((((..(((((((.........)))))))...)))))...........)))))(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((...(((......))))))).)))..)))))).))))))).)))..))))......)))))..))))).)))........))))))))))))........))))((((......))))...)))).........))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((.((((...))))..(((((((.((((....))))...))))))).(((......)))............(((((...))))).(((((..((((((.((((((....)))))).))))))))).))(((.((..((((((.((((((.(((((((((.....)))).)))))((((((...(((((......((((((((((.(((..((.(((...(((((((((..((((((.((..(((((((.((....))))))).))..))))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((.(((........))))))).)))..)))))).)))))))).))...)))..)))))).)))))))))))))))......)))))))))))).))))).(((((((((......))))...)))))...)))..))))...........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......)))......((([[[[[..............(((((((.((((....))))...)))))))(((((..((..(((((.........(((((...))))))))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).))))).....(((((.(((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((.......((((.....((((.((((((((((((((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))).......(((((.((((((...))))))))))).(((({{...((((((...(((......)))...))))))..))))}}))))))).)))..))))..)))))))))..)))))))))).......)))))))))))).......(((((((((......))))...)))))........)))]]]]].......
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((.(((..........(((((((.(((......)))...)))))))....(.(((..............(((((((....)))))))))))((................................................................................................(((((.((.............(((.((((((((((...((......(...(((((((((.((....))))))))....))))))........................................(((((((.(..((((.(..((((......)))).)..))))))))))))))))))).)))..))).)))))...)))).....................................................((....))...))))))..))))...........
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((.((((...))))..(((((((.((((....))))...))))))).(((......)))............(((((...))))).((((..(((((((.((((((....)))))).))))))))).))(((.((..(((((.(((((((.(((((((((.....)))).))))).(((((...(((((......((((((((((.(((......((((((((((((((..(((((.(((..(((((((.((....))))))).))..))))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((.(((........))))))).)))..)))))).))))))).)))...)))..)))))).)))))))))))))).......)))))))))))).))))).(((((((((......))))...)))))...)))..))))...........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...))))).......((((((((((((...)))))...(((((((((((..)))))....((((..(((((((((..))))..........(((((...))))).......(((((((.(((((((..))))))).)))))))...))))).....(((((.(((((((((((((..((((...)))).))))))((((..((((((......((((((.........)))))))))))).((((.......)))).(((((((((((.........)))))((((((((((((.....((((..)))).....((((((...)))))).)))))..............))))))).......)))))).))))..((((((((...............((((((.......)))))).))))))))..))))))))))))))))...(((((((((......))))...))))).....))))))))))))).....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((......................................................................................................................................................((......))................(((..(((.(((((((...............(((((.((((.........((..(((...(((((.((....)))))))....))).))..........................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....)))...))).........................................................))))).....))))...........
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....)))......((((.....(((((......................................................................................................................................................((......))................(((..(((.(((((((...............(((((.((((.........((..(((...(((((.((....)))))))....))).))..........................................((((((.....((((..(.(((......)))..).))))..)))))).)))).)).)))...)))))))....)))...))).........................................................))))).....))))...........
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((...((((.((((..(((((((.((((....))))...)))))))(((((..((..(((((.........(((((...))))))))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).)))))...(((((((.(((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((..((.....))..((.((((.((((((((((((((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))))).)))..)))).))...)))))..)))))))))).......)))))))))))).)).....))))((((......))))...))))....)))..))))...........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...))))).....((((..((((((((...))))).((((((((((((....)))).).))))))).(((......)))............(((((...))))).((((..(((((((.((((((....)))))).))))))))).))(((.((..(((((.(((((((.(((((((((.....)))).)))))((((((...(((((......((((((((((.(((......((((((((((((((.((((((.(((..(((((((.((....))))))).))..)))))))).))))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((.(((........))))))).)))..)))))).))))))).)))...)))..)))))).)))))))))))))))......)))))))))))).))))).(((((((((......))))...)))))...)))..))))...........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................(((.(((...................(((((.((((............((((...(((((.((....)))))))....))))............................................(((((.......(((....(((......)))....)))....))))).)))).)).)))(.....))))....)))........................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((...((((.((((..(((((((.((((....))))...)))))))(((((..((..(((((.........(((((...))))))))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).)))))...((((((((.((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((..((.....))..((.((((.((((..((((((((..((((((..(..(((((((.((....)))))))))..)..))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((....((((((...(((......)))...)))))).)))))).))))..).)))..)))).))...)))))..)))))))))).......)))))))))))).)).....))))((((......))))...))))....)))..))))...........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......)...((((..))))((((((((.(..((((((((((((((((.((((...).)))...)))))))(((((((((..)))).(((...)))(((((...)))))((((...(((((((((((((((..)))))))))))))))....(...))))))))))((((((((.((((((((((((..))))(((((((((.(..(..(((.((........)).))))..))))).).))))(((((((((.((((.((((...(((((((.((....)))))))))....)))))).)))))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(.((((.(((((((......))))))).))))))))))).))))).).)))))))(..(((...((((.((..))))))..)))..)))))))))..(((...........)))((.(((......))))))))))))))..))))))))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...))))).................................................................................................................................................................................................................................................(.(.......(.................................................................(((...(.....................(((......)))....................................................(.(....).)...................................)...)))...)..........)..........)...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((...(((...(((..........((((....))))....(((...(((((..((..(((((.........(((((...))))))))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).))))).....(((((..((((((.((((((((.......))).))))).(((((...((((((((((..((.....))..((.((((.((((..((((((((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..(((.((((.(((........))))))).)))..)))))).))))..).)))..)))).))...)))))..)))))))))).......)))))).))))).)))....))).((((......))))....)))....)))..))))...........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....)))).....((((..(((...((((.((((..(((((((.((((....))))...)))))))(((((..((..((((..........(((((...))))).))))..(((((((.((((((....)))))).))))))))).)))))...(((((((.(((((((((((((.((((....)))).))))))(((((...((((((((((..((.....))..((.((((.((((..((((((((..((((((.....(((((((.((....))))))))).....))))))..)))).......(((((.((((((...)))))))))))((((((..((..((((.(((........)))))))..))..)))))).))))..).)))..)))).))...)))))..)))))))))).......)))))))))))).)).....))))((((......))))...))))....)))..))))...........

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